1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
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UCSC官网下载TSS.bed文件 -
【基因组学】提取基因的启动子序列
写在前面 通常我们碰到的是，根据gff文件提取cDNA序列，这个比较容易满足，但是有时候我们需要构建native promoter 载体的时候，就需要提取cDNA前面的序列，...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
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2021-01-27 启动子相关知识点概念 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。初步分析时，一般选择上游2 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。获取正链或负链...
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smart-seq2 实践单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
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技术 | 单细胞转录组测序之Smart-seq2Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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各种HIC处理数据之间的相互转化
各种HIC处理数据之间的相互转化 目前HI-C数据研究比较火爆，出现了各种各样的工具来分析HI-C。这些工具各有优缺点，而且对应的有不同的下游处理工具。但这些工具的结果数据格...
