欢迎关注"生信修炼手册"！ 在GATK4的best practice中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline采...
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GATK官方推荐的workflow语言-WDL
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爬虫抓取OncoKB数据库中肿瘤基因靶向药物信息通过驱动浏览器爬取OncoKB数据库中"基因——肿瘤——靶向药物"等信息。 1. 安装Chrome浏览器，下载并配置ChromeDriver，将其加入到环境变量中。 下图方框...
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CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
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cellphoneDB代码及原理简介简介 cellphoneDB作为使用最广泛的单细胞通讯软件之一，已经得到了学者广泛的认可，它的庞大的数据库也一直在更新。简短说一下原理，它是基于 UniProt、Ensemb...
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TGF-b信号通路 必知必会TGF-b信号通路 文章目录： 1.TGFb信号通路概述 1.1.基本概括 1.2 信号转导通路 2.TGFb受体差异 1.TGFb信号通路概述 1.1.基本概括 TGF-β...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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你好 使用更低版本R后 monocle2还报错吗
R和monocle包的版本不兼容
monocle包（2.24.1）的orderCells报错广为人知，但我在跑estimateSizeFactors()函数时候也遇到了报错 这个报错非常小众，全网都比较难找到...
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velocyto.R画图中箭头的指向前言 Gene在转录为mRNA的过程中会经历splicing，RNA刚转录出来（此时称之为前体RNA）是没有经历过splicing的，而剪切过的RNA（此时称之为mRNA）从...
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通过ggh4x调整ggplot2图形刻度ggh4x软件包是ggplot2扩展软件包。它提供了一些不完全符合“图形语法”概念的实用程序功能但在调整ggplots时仍然有用 下面通过几个小例子来展示一下ggh4x的功能...
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跟着高分SCI学作图 -- 复杂热图+渐变色连线从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝对是高质量！还不赶紧点赞+在看...
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Sincast：利用bulk RNAseq定义细胞功能亚群前言 说到对单细胞亚群进行定义，那对很多分析单细胞数据的小伙伴来说都是最头疼的事情之一了。因为定义细胞的正确与否直接关系到后续分析所有结果的准确性，所以针对单细胞注释的解决方...
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clusterprofier提取子集可视化
想偷个懒，不想自己用ggplot生成，想直接用dotplot可视化自己选择的一些通路，如果直接进行提取的话可能会有问题，生成的是dataframe，dataframe不能直接...
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热点综述 | 肿瘤微环境中的细胞间通信推断和分析：数据资源和计算策略
量化肿瘤微环境（TME）中各种细胞类型之间和内部的串扰，有助于开发用于肿瘤靶向治疗的工具。《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章，介绍了...
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R语言: 从pheatmap无缝迁移至ComplexHeatmap
pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包。ComplexHeatmap包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。在p...
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pak包：一条指令解决包的安装问题，支持CRAN，Bioconductor和Github，还支持自动更新R语言有很多强大的包，而且各种包之间还相互依赖，尤其是CRAN和Bioconductor还经常相互依赖，但是安装指令却不一样，再比如Github上的包，有时候更新的话还要重新...
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SCPA（三）：具有拟时序特征的通路活性评估
前言 单细胞的拟时序分析是利用算法模拟不同细胞之间的分化趋势，目前已经是一种相对常规化的分析手段。通过拟时序分析，可以模拟不同细胞之间的潜在分化联系，因此可以起到动态预测的作...
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用小饼图代替点图里的点0.起因 最近在群里看到一个图，棒棒糖图的点用饼图代替了。 然后又看到一个文章里，用饼图代替了富集分析的点图，妙啊~ 这个地球上有什么漂亮的图能躲过我的小胖手呢？画他！ 1....
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单细胞转录组之Scanpy - 轨迹推断/拟时序分析什么是拟时序分析？拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我...