在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时，发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决办法，发现将小鼠的基因转成人的同源基因即可做。 这篇文章主要...
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小鼠和人的同源基因对应 -
Drug2Cell 安装及使用教程简介 Drug2Cell 是用于scanpy中基因组活性评估的效用函数的集合，既用于每个细胞评分，也用于基于标记的富集/过表示分析。Drug2cell利用已建立的方法，并以方...
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pyscenic的结果不可重复一、pyscenic的结果不可重复 最近在运行pyscenic的结果的时候发现了两次相同参数相同数据的结果存在不一致，回溯发现scenic的第一步GRN的结果已经出现了差异，...
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SCENIC feather文件下载记录
最近在学习SCENIC来分析单细胞转录因子活性。在下载这步就卡住了。教程里需要下载好所需的feather文件 根据教程在RStudio中运行，然后再运行如下代码进行下载：ge...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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如何不使用 plot_pseudotime_heatmap画出热图？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先调出它的源代码 根据上述代码，总结起来就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
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文献学习001：【代谢】线粒体翻译通过维持铁稳态来调节末端红细胞分化摘要：线粒体 tRNA 翻译优化 1 （Mto1） 介导的线粒体 tRNA 牛磺酸修饰对于线粒体蛋白翻译至关重要。Mto1缺陷被证明在胚胎干细胞中诱导变形应激。最近发现一名M...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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