genes19.bed genesX.bed 想问如何得到一个非模式物种的bed文件，而且，为什么这里要分成两个呢？另外在提取非模式物种bed文件的时候，要考虑正负链问题吗？
使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
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分子进化树构建及数据分析方法介绍【转】
首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括M...
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收集一些R语言相关的报错和解决方案。如果有些问题你无法处理，欢迎整理问题发送到xuzhougeng@163.com
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X-shell无法连接服务器-解决
问题：在主机IP、用户名、密码没有输入错误的前提下，X-shell登陆服务器失败报错：Connection failed解决（如果使用的是动态IP，极有可能就是这个原因了）：...
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Python积累
从基因组注释中提取转录因子 字符串find使用+异常值处理 今天又写了一个小脚本，从基因组的注释文件中筛选所有可能的转录因子，方法是以DNA binding的GO号及关键词'...
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十句高效提醒
和Mr. Tan约的这两天要聊一下课题的，但是他太忙了，其实我也没有准备好，分析数据，总是有点着急，需要反复折腾。最近听开言英语，有个主题倒是吸引了我“Are you bus...
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悬疑未决的R包报错
疑案1 更新了R版本到3.6.0后，使用了一下发现有些包用不了，就删除了。重新使用R-3.4.3，就总会有这样的报错，虽然能够运行成功，但总是出现这个（刷屏的那种出现），也不...
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本地blast试运行
Linux 由于服务器上已经安装有Blast+，所以就没有安装的步骤啦！目的：将候选基因的ID转换成另一参考基因组的ID准备文件：候选基因氨基酸序列--target.fast...
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安装clusterProfiler拟南芥注释包
由于 xuzhougeng 最近更新了clusterProfiler中的拟南芥注释信息，这个包又确实好用，所以想办法安装，期间遇到了很多问题，现在也算是顺利安装上了，记录一下...
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安装clusterProfiler包
在R-3.4.3版本中，这次重新安装总是报错： 其实之前是真的已经载入了的，目前也不知道什么原因。 由于get了新技能，发现Rstudio中可以切换新旧版本，切换版本后要退出...
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解决R报错
常见报错-1 解决方案：尽管R这样提示，但是不影响这个包的使用。因此是可以继续用的，只是它会有这样的提示而已。出现这种警告的原因是自己电脑上的R版本不是最新的了，需要更新。如...
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我觉得程序员很伟大，几行代码改变世界。
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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第2周：RNA-seq数据分析最佳实践原文来源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
