MOVICS包导入数据步骤 可以看出，brca.tcga中有以下几个数据集 从sapply函数中可以看出几个数据集行可不同，但列相同。那我们看看行，列分别代表什么 可以看出行...
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2024-12-31 -
使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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【R>>MOVICS】多组学+亚型秘密武器MOVICS包整合多组学数据进行分析，其安装的过程太让人心酸，大家安装的过程慢慢体会，下面就来学习下这个由“大鱼海棠”老师开发的R包吧。 1.示例数据 brca.tcga.R...
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2024-11-06安装MOVICS包遇到的问题及解决方案
安装MOVICS代码devtools::install_github("xlucpu/MOVICS")但这个包非常复杂，安装时遇到了好些报错，解决方法如下： 那遇到这些提示没...
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R 做多元逻辑回归
逻辑回归解决分类问题，第一步要先确定特征，自变量，因变量 用R 的glm，原始数据读入 read.csv（）#第一行为列名，header=T，列名是各自变量 先分训练集和测试...
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R 做多元逻辑回归逻辑回归解决分类问题，第一步要先确定特征，自变量，因变量 用R 的glm，原始数据读入 read.csv（）#第一行为列名，header=T，列名是各自变量 先分训练集和测试...
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glmnetGlmnet主要用于拟合广义线性模型。筛选可以使loss达到最小的正则化参数lambda。该算法非常快，并且可以使用稀疏矩阵作为输入。主要有线性模型用于回归，logistic...
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Metascape写在前面，有做广告的嫌疑，哈哈，2019.4刚发表的，不过貌似每发表之前引用率超高，貌似专门针对david，不过david真的过时了，这个网站也是直接输入基因列表，其他都不需...
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R语言ROC曲线包R语言有多种包可以画ROC曲线，如比较出名的有ROCR包，pROC包等。如有2个以上变量，则可单独画在一张图上，也可以变量为单位分开画。下面主要讲pROC包，也会提一下经典的...
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基因集富集分析
基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 的基本思想是使用预定义的基因集，通常来自功能注释或先前实验的结果，将基因按照在两类样...
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用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值一. 读取数据 因为我们一般自己录的数据都是excel表格的，对于读取excel，此处有一个小技巧 读取excel方法 1.把excel文件另存为CSV文件 2.按照读取cs...
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超好用的PubMed文献查找管理插件—ScholarscopeScholarscope是17年下半年推出的一款更快，更稳定的科研工具。它可以自动加载Pubmed期刊的影响因子，帮助用户筛选信息，并添加基于Sci-hub的下载链接，功能强...
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变异信息那些事（上）刘小泽写于18.12.31再次知识迭代：打算以上中下三篇来认识一个新事物上篇：主要了解VCF的背景知识；一般我们会从WES的上游得到SNP、InDel等信息，这些重要的信息都...
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R语言pROC包绘制ROC曲线作者：白介素2相关阅读：R语言-multiROC packageR语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggfo...
