R语言传参快速使用脚本 简便版 进阶版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包传参 补充：系统自带的传参方法commandAr...
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R语言传参2022-08-24
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基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的 NGS，而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencin...
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R语言数据处理替换操作（含gsub函数常用示例）——实战单细胞信息注释函数 2022-07-01
适用背景 在R语言中，我们需要对字符串、向量和数据框等数据类型进行替换操作，有时候是因为需要更换别名，有时候是因为数据存在错误需要修正，有时候则是因为需要删除某些信息。本文将...
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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Seurat提速——并行化（future包）2022-06-07关键词 Parallelization in Seurat Seurat 并行化 Seurat 加快运行速度 Seurat 并行运算 Seurat 提高效率 Seurat 加...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
