CytoTRACE2是一个新颖的深度学习框架，旨在处理单细胞潜能评估的复杂性，同时实现直接的生物学可解释性。该框架的核心是一组基因集二进制网络 (Gene Set Binar...
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CytoTRACE2：细胞分化潜能的预测效果不错 -
MultiQC高级用法：生成自定义报告MultiQC作为NGS数据QC报告的整合工具，目前已支持165个生信工具的报告整合，一键就可以轻轻松松将多样本的QC结果整合起来并生成网页报告，不仅省时省力还方便查看，解决...
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cellrank v1/2 | 细胞分化轨迹推断，scanpy团队出品CellRank是由出品scanpy的Fabian J. Theis 团队开发的单细胞轨迹分析工具，主要用于推断细胞命运的动态变化。传统轨迹推断 (trajectory in...
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利用数据库的marker手动注释细胞类型单细胞分析前期很重要的一步是细胞类型注释，这一步看似很简单，有时候做起来却是最耗时的一步。如果数据很好，用经典的或者文献里的marker很轻松就可以定义出细胞类型，此时这一步...
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scanpy差异结果哪里出了问题
用scanpy做差异分析的时候，发现一个奇怪的现象，如果指定了reference参数，即使设置了pts参数来计算基因的在细胞群里面的表达比例，当提取差异结果的时候会发现并没有...
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cnvkit分析CNV，batch真的好用
最近需要分析CNV，所以学习了一下cnvkit软件。不得不说，软件的文档写得真的很详细，能够感受到给予使用者的满满诚意。无论是最新的文档，还是网上相关的帖子，都会看到下面的这...