Seurat作为知名的单细胞数据分析框架，虽然很好用，但在大数据集一直存在速度上的短板，尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试图解决，比如通过引入featu...
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Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板
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自学资源 | 生信计算机基础，数据处理纵享丝滑虽然目前有很多语言模型可以替代人工写代码，但并不总是可以直接复制可用，有时候还是需要人工修改以完善可用。拥有学习能力，数据处理并没有会与不会，而是处理上的难易程度最终以花...
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多分类两分组的交集差集可视化，简洁又恰到好处两分组的交集差集可视化最常用的方法就是韦恩图，复杂点如果分组超过5组可以换成upset图展示。虽然也是两分组，但如果有多个分类时韦恩图就不是好的选择了。此时，回到最简单的...
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screen | 交互式命令也可以防挂断，实用又能装远程使用服务器资源的时候，运行任务通常都是提交给集群统一调度。但有时候也会选择本地化执行，如果这个任务需要运行很长的时间，一般会使用nohup命令将任务挂后台运行，这样即...
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FeaturePlot 对负值并不友好Seurat的FeaturePlot可以展示基因在降维空间里各个分群的表达情况，也可以展示metadata里面的数据情况，例如基因集打分情况。虽然这个函数绘图好用，但是对...
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pheatmap依然是做热图的首选每当需要做热图的时候，首先想到就是pheatmap。记不清啥时候第一次使用该包了，但从那以后这就是画热图的第一选择了，因为无论是功能，还是颜值，亦或是操作简易程度都可以算...
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让scale给整不会了
数据处理时经常需要做各种处理，如标准化和归一化，在R里面可以借助scale函数来轻松完成。默认情况下，该函数做的事情可以用下面的公式概括：其中 x 是原始数据点，μ 是数...
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收藏几个单细胞可视化包好看的图当然会锦上添花，单细胞美化的包很多，也各有特色，不妨收藏几个，方便以后事半功倍地画出漂亮的图。 scplotter[https://pwwang.github.io/...
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