发简信
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cellrank v1/2 | 细胞分化轨迹推断，scanpy团队出品CellRank是由出品scanpy的Fabian J. Theis 团队开发的单细胞轨迹分析工具，主要用于推断细胞命运的动态变化。传统轨迹推断 (trajectory in...
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利用数据库的marker手动注释细胞类型单细胞分析前期很重要的一步是细胞类型注释，这一步看似很简单，有时候做起来却是最耗时的一步。如果数据很好，用经典的或者文献里的marker很轻松就可以定义出细胞类型，此时这一步...
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Seurat用来分析bulkRNA，这就是降维打击Seurat作为知名的单细胞数据软件，真的是非常棒，让分析过程变得简洁高效，无需花费很多的学习成本便可以上手。虽然该软件是为单细胞数据设计而来，但也不妨碍用来分析bulkRN...
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scanpy差异结果哪里出了问题
用scanpy做差异分析的时候，发现一个奇怪的现象，如果指定了reference参数，即使设置了pts参数来计算基因的在细胞群里面的表达比例，当提取差异结果的时候会发现并没有...
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bwa mem 迷一般的参数最近被bwa-mem -T参数搞迷糊了，不明白这个参数是如何发挥效用的。根据软件帮助文档对参数的描述，可知其功能是过滤输出结果，于是乎想当然地觉得它的作用是过滤掉alignm...
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cnvkit分析CNV，batch真的好用
最近需要分析CNV，所以学习了一下cnvkit软件。不得不说，软件的文档写得真的很详细，能够感受到给予使用者的满满诚意。无论是最新的文档，还是网上相关的帖子，都会看到下面的这...
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telomere length and content estimating端粒是位于染色体末端的DNA的非编码重复序列，就像安全帽一样，保护着基因组。在人体细胞中，其初始长度为8-15kb，每复制一次，其长度便会减少50-200bp。当端粒长度达到...
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kallisto原理的图文详解，通俗易懂的专业内容最具吸引力看到一篇关于kallisto软件原理的文章，内容通过图文的形式详细地介绍了软件的工作原理，让读者能够直观地理解以便更好地使用软件，内容通俗易懂值得学习与分享。内容如下： ka...
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CADD遗传变异打分，有害性的综合评估CADD (Combined Annotation–Dependent Depletion) 是一种基于 logistic 回归模型的评分系统，用于预测人类基因组中遗传变异的...
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manta分析SV的结果有点懵染色体SV (Structural Variation)变异包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
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annovar好用却又不完全会用
annovar作为老牌变异注释软件，用起来还是挺方便的，速度也挺快，可以输出txt格式的结果，是一个不错的选择。支持的输入格式有pileup、cg、cgmastervar、g...
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MSI分析工具如何选择，最好的原来是它微卫星 (Microsatellite) 通常由1-6个碱基为重复单元串联重复很多次形成，其位点遍布于基因组。在 DNA 复制负责错配修复 (MMR) 基因的功能存在缺陷时，...
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RBO评估rank基因集的相似性
Rank Biased Overlap (RBO) 是一种用于评估两个排序列表相似度的指标，适用于不完整或部分重叠的排序列表，能够处理不同长度的列表，并在计算中引入衰减因子以...
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R保存个图也要来回折腾，如何避免这种情况有人问：用R绘图时看着一切都挺好，可是保存后打开图片一看，字体等内容会变得不协调。这个时候，最简单的方式就是调整保存图片的大小，可能来来回回需要好多次，保存的图片内容才会协调...
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screen | 交互式命令也可以防挂断，实用又能装远程使用服务器资源的时候，运行任务通常都是提交给集群统一调度。但有时候也会选择本地化执行，如果这个任务需要运行很长的时间，一般会使用nohup命令将任务挂后台运行，这样即...
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Seurat | 分析百万细胞不是梦前面体验过presto包赋能Seurat在大数据集做差异分析的提升，详情见Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板[https://mp...
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ggsave如何统一不同格式的图片尺寸
ggsave 保存图片时，PDF、PNG、JPEG 等不同格式的尺寸设置方式不同，主要是因为它们的单位和分辨率不同。为了让这些格式的图片尺寸保持一致，需要根据分辨率和单位进行...
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Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板
Seurat作为知名的单细胞数据分析框架，虽然很好用，但在大数据集一直存在速度上的短板，尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试图解决，比如通过引入featu...
