CADD (Combined Annotation–Dependent Depletion) 是一种基于 logistic 回归模型的评分系统，用于预测人类基因组中遗传变异的...
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CADD遗传变异打分，有害性的综合评估 -
annovar好用却又不完全会用
annovar作为老牌变异注释软件，用起来还是挺方便的，速度也挺快，可以输出txt格式的结果，是一个不错的选择。支持的输入格式有pileup、cg、cgmastervar、g...
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MSI分析工具如何选择，最好的原来是它微卫星 (Microsatellite) 通常由1-6个碱基为重复单元串联重复很多次形成，其位点遍布于基因组。在 DNA 复制负责错配修复 (MMR) 基因的功能存在缺陷时，...
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manta分析SV的结果有点懵染色体SV (Structural Variation)变异包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
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RBO评估rank基因集的相似性
Rank Biased Overlap (RBO) 是一种用于评估两个排序列表相似度的指标，适用于不完整或部分重叠的排序列表，能够处理不同长度的列表，并在计算中引入衰减因子以...
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R保存个图也要来回折腾，如何避免这种情况有人问：用R绘图时看着一切都挺好，可是保存后打开图片一看，字体等内容会变得不协调。这个时候，最简单的方式就是调整保存图片的大小，可能来来回回需要好多次，保存的图片内容才会协调...
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screen | 交互式命令也可以防挂断，实用又能装远程使用服务器资源的时候，运行任务通常都是提交给集群统一调度。但有时候也会选择本地化执行，如果这个任务需要运行很长的时间，一般会使用nohup命令将任务挂后台运行，这样即...
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Seurat | 分析百万细胞不是梦前面体验过presto包赋能Seurat在大数据集做差异分析的提升，详情见Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板[https://mp...
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ggsave如何统一不同格式的图片尺寸
ggsave 保存图片时，PDF、PNG、JPEG 等不同格式的尺寸设置方式不同，主要是因为它们的单位和分辨率不同。为了让这些格式的图片尺寸保持一致，需要根据分辨率和单位进行...
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Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板
Seurat作为知名的单细胞数据分析框架，虽然很好用，但在大数据集一直存在速度上的短板，尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试图解决，比如通过引入featu...
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自学资源 | 生信计算机基础，数据处理纵享丝滑虽然目前有很多语言模型可以替代人工写代码，但并不总是可以直接复制可用，有时候还是需要人工修改以完善可用。拥有学习能力，数据处理并没有会与不会，而是处理上的难易程度最终以花...
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多分类两分组的交集差集可视化，简洁又恰到好处两分组的交集差集可视化最常用的方法就是韦恩图，复杂点如果分组超过5组可以换成upset图展示。虽然也是两分组，但如果有多个分类时韦恩图就不是好的选择了。此时，回到最简单的...
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FeaturePlot 对负值并不友好Seurat的FeaturePlot可以展示基因在降维空间里各个分群的表达情况，也可以展示metadata里面的数据情况，例如基因集打分情况。虽然这个函数绘图好用，但是对...
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pheatmap依然是做热图的首选每当需要做热图的时候，首先想到就是pheatmap。记不清啥时候第一次使用该包了，但从那以后这就是画热图的第一选择了，因为无论是功能，还是颜值，亦或是操作简易程度都可以算...
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让scale给整不会了
数据处理时经常需要做各种处理，如标准化和归一化，在R里面可以借助scale函数来轻松完成。默认情况下，该函数做的事情可以用下面的公式概括：其中 x 是原始数据点，μ 是数...
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收藏几个单细胞可视化包好看的图当然会锦上添花，单细胞美化的包很多，也各有特色，不妨收藏几个，方便以后事半功倍地画出漂亮的图。 scplotter[https://pwwang.github.io/...
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Spatial transcriptome | 空间依赖性，理解MISTy回答的三个问题分析空间转录组数据的时候，简单地学习了一下MISTy模型框架：一个灵活扩展，可解释的机器学习框架，可用于从任何空间组学数据中提取关系，可同时评估数十到数千个marker。...
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TCellSI：巧用housekeeping genes矫正样本间效应TCellSI：一款借助Mann-Whitney U统计量，通过特定marker基因集和背景基因，对T细胞状态进行评估打分的软件。该软件能够准确评估T细胞的八种不同状态分...
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xtail | 差异翻译基因分析基因翻译，即遗传密码从转录本到蛋白质的过程，也是功能基因能够发挥自身作用前的必经之路。基因的翻译效率收到很多因素的调控，这其中最直接的是基因本身的转录丰度，正常情况下，翻...