前一篇推送已经与大家分享了这篇发表在Nature Plants上的关于小麦再生的文章。涉及的生信分析非常丰富，其比较重要的是关于转录因子的分析。所以这次推送就其中重要的几项转...
发简信
IP属地：河北
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生信分析：转录因子分析-NP-小麦再生 -
差异共表达网络-Co-expression networks写在前面，这篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...
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第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...
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利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...
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day27 ChIP-seq 对peak进行注释R语言ChIPseeker包学习linux常用命令，并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释，发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结...
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ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录，以及更高级的分析识别该转录因...
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ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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Linux中pong 的安装和使用引言 pong可用于admixture结果可视化 官方网址：GitHub - ramachandran-lab/pong: Fast analysis and visuali...
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ggplot2 - 柱状图简介 柱状图一般用于，当我们都有一组分类变量以及每个类别的定量值，而我们关注的主要重点是定量值的大小时。 应该在柱状图背景保留横网格线，便于比较我们关注的值。 当分类labe...
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R packages|ggcorrplot : 相关矩阵的可视化(热图)在R中可视化相关矩阵(correlation matrix)的最简单方法是使用corrplot包。另一种方法是在ggally包中使用函数ggcorr()。 但是，ggally...
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snp数据构建NJtree（phylip软件）参考链接 SNP数据构建系统进化树 - 简书[https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8]https://www.jianshu.com/p...
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连锁不平衡以及连锁不平衡衰减[连锁不平衡粗俗的说就是：这几个基因耍流氓，喜欢抱团遗传，不再随机。而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。] LD衰减图...
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群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
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