技术原理 实验流程 分析流程分为以下6部分： 原始测序数据的质控 read比对，排序和去除重复序列 Indel区域重（“重新”的“重”）比对 碱基质量值重校正 变异检测 变异...
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全基因组测序——壹.简介 -
GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 点击此处 查看最新版本 GATK 简单说明 GATK分析简要流程 所需数据 ref.fa rea...
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Fastp:质控 +过滤数据
常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，据说fastp更快，而且一次完成质控过滤和出图。fastp的githubfastp的出版地址 1.Fastp 软件...
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安装conda,theano
Linux下安装miniconda 在官网下载miniconda3 执行：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 之后跟随提示步骤，安...
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fastp全新的数据质控软件各位做生信的小伙伴都知道，对于下机的FASTQ数据需要进行质控和预处理，以保证下游分析输入的数据都是干净可靠的。通常我们都是使用FASTQC等软件进行质控，使用cutadap...
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质控软件 fastp
注：本文全文摘选自知乎：fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自动化质控+过滤+校正+预处理软件 1引言 各位做生信的小伙伴都知道，对于下机的FASTQ数据需要进行质...
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RNA-seq 分析流程（一）linux部分
基于miniconda3进行linux部分分析,由于很多软件是基于Python3.7写成的，建议使用Py3.7版本的miniconda3miniconda3安装及注意事项见：...
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SRA数据(1)------SRA数据下载一.prefetch下载： 安装SRA Toolkit： 1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑的版本下载，网速不好的推荐挂后台，80M左右，不大。 htt...
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GEO的SRA|fastq下载GEO的各种英文缩写 GPL GEO Platform 平台GSE GEO SeriesSRA-----Sequence Read Archive 存档来自高通量测序平台的原...
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2020-01-17 【转录组】一、下载SRA、安装并使用fasterq-dump（SRA to fastq）下载sra，最新版prefetch已不支持aspera，原因是ncbi数据存储已改成云模式，ascp并不支持，速度没优势 之前用fastq-dump用以下命令一次将全部sra...
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NGS小技能（2）：如何进行SRA到fastq格式的快速转换
前言 生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据，之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面，我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fas...
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samtools建立fasta索引
本文摘抄自：https://www.omicsclass.com/article/42侵删！fasta是常用的序列存储格式，很多软件（如GATK、IGV等）在导入序列以及进行...
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