#简介 Dssp是用来模拟蛋白二级结构的插件，可以方便的利用Biopython调取，然而在使用过程中无法顺利进行，原因是系统内没有定义Dssp的path并正确连接dssp服务...
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安装DSSP过程中遇到的问题
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Linux中 PS1 的用法-亲测有效
先展示个人结果 1.了解PS1 PS1是Linux终端用户的一个环境变量，用来定义命令行提示符的参数。 在终端输入命令： 可得到当前PS1的定义值： PS1的常用参数以及含义...
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🎨[可视化|R包]ComplexHeatmap学习笔记④Heatmap AnnotationsComplexHeatmap学习笔记①Introduction to ComplexHeatmap package ComplexHeatmap学习笔记②Making A S...
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pandas的DataFrame对象抽取“整列”或者“整行”数据
先给出能取行和列的几种常用方式： data[ 列名 ]：取单列或多列，不能用连续方式取，也不能用于取行。data[ i:j ]：用起始行下标(i)和终止行下标(j)取单行或者...
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宏基因组分箱（六）Prokka基因预测，注释COG、EC、RNA导读 prokka注释细菌基因组，获得该基因组的CDS、Gene、RNA、EC、COG等注释信息。 一、基本信息 文章：Prokka: rapid prokaryotic g...
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宏基因组分箱（五）Metawrap计算Bin丰度导读 用Metabat2分箱的方法见：宏基因组分箱（二）Metabat2分箱实战[https://www.jianshu.com/p/72a60906d9a7]。本篇将展示用...
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宏基因组分析7-binning(Maxbin,metaBAT,CONCOCT)
maxbin https://downloads.jbei.org/data/microbial_communities/MaxBin/MaxBin.html安装 使用 me...
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R：ggplot geom_bar/col导读 以模拟数据为案例，总结ggplot柱形图绘图参数。内容如下方目录所示，一共包含1-9个部分。 目录：一 输入数据二 画图：基础调整1 初始图2 X轴排序3 count列...
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R绘图脚本(python等绘图脚本)自适应图片大小的方法(plot ggplot png pdfggsave等)问题与适用性描述 绘图的时候一般是默认图背景大小或指定大小，但是多数图片需要展示的内容不是固定的，两种方法都会导致图片过大或过小，解决方法是根据图片内容自动设置背景大小，这里...
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R语言计算β多样性指数及分析计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages（“phyloseq”） 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManag...
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Python使用gc模块进行垃圾回收
最近在kaggle kernel上跑程序，kernel commit以后经常会跑到一半就显示完成了，且没有任何报错。大佬们说这是内存/显存/硬盘不足导致的，而我的问题则是由内...
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宏基因组 - (2)基于基因相对丰度计算α/β多样性-1.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q索要 请实名，名字+学校+方向 0. 首先需要获取基因的相对丰度表，这里可以略参考 宏基因组-(1)基因预测与基因相对丰度[ht...
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R进阶 | R中的输出函数总结
输出函数 R中我们会用的比较多输出函数有以下五个： print() cat() message() warning() stop() 其中前两个函数将结果输出到标准输出即st...
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差异分析工具STAMP手册2:使用手册（汉版）出于时代的自觉，我主动承担了STAMP(Statistical Analysis of Metagenomic Profiles)使用文档的翻译工作。原文28页，翻译如下，欢...
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Cytoscape绘制相关网络图导读 用R软件corr.test函数进行两组数组的相关性分析，用Cytoscape绘制相关网络图。 一、输入数据 代谢数据：metabo.txt 16S数据：genus.tx...
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Typora Markdown 语法第一章 块元素（Block Elements） 1.1 段落和行结束（Paragraph and line breaks） 大多数 markdown 解析器忽略单行分隔符，为...
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（一）R基本数据结构
每种语言都有自己的数据结构，这些数据结构多多少少会有些相似之处，利用这些相似之处大部分时候都能提高我们的学习效率。由于初学编程时学的是Python,因此这里很多地方多会与Py...
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R语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplotR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
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fastq-dump或fasterq-dump quit with error code 3问题处理
最近在使用fastq-dump或者是fasterq-dump解压SRA数据的时候总是出现如下问题： 也试过github给出的解决办法：1）给出软件或者SRA的全路径2）更新s...
