hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多...
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10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN） -
三种Monocle3安装教程
1. 官方教程 按照官方教程安装会出现一堆bug（包括版本依赖，底层库的缺失，C++源码语法与编译器的不兼容兼容，以及编译器编译过程中的不确定错误），建议在尝试一天之后及时停...
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深入理解R包AUcell对于分析单细胞的作用首先我们来看看对AUcell的介绍AUCell可以识别单细胞RNA序列数据中具有活跃基因集（例如signatures，基因模块...）的细胞。 AUCell使用“曲线下面积”...
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差分网络分析DiffCoEx
简介 WGCNA网络分析以后，我们可以对一些sample构建出共表达的网络，那么这里有一个问题，那就是不同处理下的sample（比方说treat和control），它们的共表...
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ggplot画各种椭圆受启发与某群的讨论，今天来玩一下用ggplot画个小椭圆 ggplot画置信椭圆 我们之前介绍了置信椭圆的画法，参见置信椭圆与R画法，我们介绍了利用ggplot来画椭圆，我们...
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单细胞与GWAS数据的联合分析复杂性状的细胞类型表达特异性整合（CELLECT）是一个计算工具包，用于识别复杂性状潜在的可能病因细胞类型。CELLECT利用现有的遗传优先级模型，在识别可能的病因细胞类型时...
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单细胞转录组数据的跨物种分析文章信息 作者信息 摘要： 使用scRNA测序分析成千上万个单细胞的能力彻底改变了细胞和发育生物学领域，为跨许多物种的细胞类型和功能的多样性提供了令人难以置信的见解。这些技术...
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单细胞互作分析-cellphonedb前言： 大家好，今天我们一起学习一下如何利用CellphoneDB对单细胞分析结果进行互作分析，当前CellphoneDB的最新版本是4.0.0，可以对单细胞中不同细胞群水平...
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CUT&Tag数据分析笔记（2）在开始笔记之前我只想吐槽一下，官网里这一部分的代码错的离谱！！！各种报错报的我怀疑人生。。。 第四节 比对结果过滤和文件格式转换 （一）利用比对质量过滤比对上的【可选步骤】 ...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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如何使用R计算香农熵？前言 1.1948 年，香农提出了“信息熵”(shāng)； 2.信息量的度量就等于不确定性的多少。即：要搞懂一个非常非常不确定（gaoleng）的女孩（或是说我们一无所知的...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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一起玩转HiC格式转换日常瞎掰 五一放假了么？ 放了！好像又没放。无所谓了，反正已经禁足快五十天了，都已经失去知觉了！有一种“不知天上宫阙，今夕是何年”的朦朦胧胧的恍惚！ 《那年那兔那些事...
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单细胞数据分析之蛋白活性推断篇作者，Evil Genius 世事无常 315打假日 2月26日获知家里电信诈骗，到今日过去了17天，从一开始的震惊，到冷静也仅用了3天， 我特别感谢那些帮助了我的人，很多...
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irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（中文教程）一、背景 在单细胞转录组测序中，整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为，校正批次效应后的数据，会掩盖...
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木有卖出吗？ip感觉是jimmy那边
R相互学习，手把手写代码，绘图
作者，Evil Genius 没办法了，如果R语言基础薄弱的同学留个言吧，我们来学习学习，时间预计这周六吧，用一天的时间来学通R语言。
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self-organizing map(SOM)的阶段性学习参考连接：https://www.r-bloggers.com/self-organising-maps-for-customer-segmentation-using-r/...