直接改了/home/data/t210424/m/pcnolambda.sh的output的文件夹 peakcall0423nolambda和peakcall0427nola...
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2025-04-27 加了lambda过滤的那一组再做motif
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2025-04-23 又改了四组 q0.01 q0.05 p0.05 nolambda
peakcallq001 peakcall0422p005 peakcall0422q005 peakcall0423nolambda 保留nolambda参数改p值差异不大
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2025-04-21 这差异怎么不明显呢
callpeak for i in {1..9}; do macs2 callpeak \ -t "${align_dir}/RIP_${i}.sorted.ba...
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2025-04-20 太好了还是没有峰所以从fastq从头跑一遍调调参数
文件夹/home/data/t210424/m 1.QC是传统QC 2.trim /home/data/t210424/m/trim.sh # 定义路径和参数raw_dir=...
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2025-04-19 你看看这不是还要个IGV峰图吗
不过滤，用测序公司直接给的BAM文件callpeak #MACS2 软件 环境还是 conda activate m6a ~/m6a ./singlepeakcall.sh ...
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2025-02-02 代表性metagene plot
整个图> setwd("F:/XZHMU/huangyue/metagene plot")> bed_file1 <- "Sham_3_summits_UCSC_final....
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2025-02-01 R做的peak metagene plot
所有bug暂且不表，只记录有用的 环境&包，因为是新电脑，全是新装的if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install...
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2025-01-30 用R画个5碱基的motif
library(ggseqlogo) SNI截motif3的4-8位E-value:7.8e-016 prob_matrix <- matrix(c( 0.000000, ...
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2025-01-28 再用DREME跑一个motif看看咸淡
发现当初学的DREME被淘汰了 试了用streme写了一个，先把所有sequences.fasta移动到/home/data/t210424/m6a/peak3 streme...
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2025-01-27 上一个peakcalling我上来就忘记了input所以重来 最后用的结果也在这里
顺利运行的peakcall3.sh #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a/filtered"output_dir="/ho...
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2025-01-27 我再试试peakcall完做overlap 然后发现写错了
先对单个文件做了peak call， /home/data/t210424/m6a/filtered/singlepeakcall.sh #!/bin/bashinput_d...
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2025-01-26 又不知道在做个什么东西可能是m6am下游 输出了一份很奇怪的motif
/home/data/t210424/m6a/qs.sh做个bam文件过滤 #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a"outp...
