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一开始感觉要直接做三组平均，写了个peakaverage.sh 暂时没用上 #!/bin/bash# Define input and output directoriesI...

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环境还是m6a的conda activate m6acd /home/data/t210424/ac4c call了peak结果不是很理想暂时没管 IGV图是用bam转bw，...

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环境还是m6a的 conda activate m6acd /home/data/t210424/ac4c rRNA测了比例竟然是0%所以没去 还有个ac4c.sh是用fas...

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环境还是m6a的 conda activate m6acd /home/data/t210424/test QC mkdir ./QCcleanfastqc -t 8 -o ...

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直接改了/home/data/t210424/m/pcnolambda.sh的output的文件夹 peakcall0423nolambda和peakcall0427nola...

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peakcallq001 peakcall0422p005 peakcall0422q005 peakcall0423nolambda 保留nolambda参数改p值差异不大

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callpeak for i in {1..9}; do macs2 callpeak \ -t "${align_dir}/RIP_${i}.sorted.ba...

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文件夹/home/data/t210424/m 1.QC是传统QC 2.trim /home/data/t210424/m/trim.sh # 定义路径和参数raw_dir=...

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不过滤，用测序公司直接给的BAM文件callpeak #MACS2 软件 环境还是 conda activate m6a ~/m6a ./singlepeakcall.sh ...

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整个图> setwd("F:/XZHMU/huangyue/metagene plot")> bed_file1 <- "Sham_3_summits_UCSC_final....

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所有bug暂且不表，只记录有用的 环境&包，因为是新电脑，全是新装的if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install...

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library(ggseqlogo) SNI截motif3的4-8位E-value:7.8e-016 prob_matrix <- matrix(c( 0.000000, ...

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发现当初学的DREME被淘汰了 试了用streme写了一个，先把所有sequences.fasta移动到/home/data/t210424/m6a/peak3 streme...

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顺利运行的peakcall3.sh #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a/filtered"output_dir="/ho...

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先对单个文件做了peak call， /home/data/t210424/m6a/filtered/singlepeakcall.sh #!/bin/bashinput_d...

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/home/data/t210424/m6a/qs.sh做个bam文件过滤 #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a"outp...