查询ggprism包使用时候发现官网给出的一示例图比较常用，这里记录学习一下。 加载R包准备数据 注意两个细节： tools::toTitleCase可以替换字符中每个单词的...
IP属地：北京
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R语言绘制组间比较散点图并自动添加P值信息
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利用abbrevr包批量输出期刊缩写有时候用endnote导入文献后显示的是期刊全称，而用到缩写时候就需要去一些网站上一个个搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
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利用massdatabase包提取物种KEGG通路与基因/化合物对应信息
最近手头处理一批代谢组数据, 想基于几十个关键差异代谢物代谢物进行下KEGG富集，能想到有两种方式解决，一种常用方式就是基于MetaboAnalyst在线富集，另一种就是解析...
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基于GO-Figure快速绘制GO富集气泡图
GO-Figure! 是一个基于pyhton写的GO富集小软件，方便我们拿到富集结果后直接使用命令行的形式进行可视化，绘制出具有灵活性、可重复性的图形，且可基于最新的GO数据...
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@小橘子_5e3b 是的 这里应该降低fc 已更正
谈谈转录组测序基础知识及常见问题
转录组学(Transcriptomics)，是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速...
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@0d245faae0a2 感谢指正
宏基因组之物种注释（基于nr库）
昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百度) 构建细菌子库 blast...
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一个轻量级绘制热图的R包-HeatmapR
目前R中绘制热图的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，这里再给大家介绍一个轻量级的R包-HeatmapR包，即无需过多的前期数据处理，可同...
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突然发现一篇适合了解CRISPR-Cas9的中文综述文章题目：CRISPR/Cas9全基因组筛选在生命科学中的应用 文章链接：http://www.lifescience.net.cn/html/201809/20180911...
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分级KEGG富集pathway图绘制最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~image.png 准备输入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
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基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鉴定方法 1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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学会这三个包，搞定R中的正则天下苦正则久矣，尤其当字符串中有自己想要的一段数据时候苦苦提取不出来的感觉真是难受，今天给大家介绍3个R包来解决这种正则带来烦恼的包，希望对大家能有所帮助。 regexpla...
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检查ID格式是否按照要求
DiVenn一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具
Divenn一种基于网络的基于Web的工具 Divenn 可以将来自多个RNA-seq实验中的基因列表进行比较，并显示每个基因(集)的调控水平和整合到Kegg pathway...
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https://mp.weixin.qq.com/s/WvwaE7lb8neqHTX7QGfR2Q 介绍过两个工具 rename功能了解下
宏基因组之基因组装
背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。与单个基因组组装不同，宏基因组组装最终得到的是环境样...
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SFINX: 一个基于Shiny部署的鉴定蛋白互作关系平台
目前研究蛋白质互作方法有很多，传统的方法是将天然蛋白免疫沉淀与质谱检测结合(CoIP-MS)，另外流行的还有亲和纯化/质谱法(AP-MS)，与CO-IP类似，它使用感兴趣的诱...
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Robust火山图：一种含离群值的代谢组数据差异分析方法
代谢组学中差异代谢物的识别仍然是一个巨大的挑战，并在代谢组学数据分析中发挥着突出的作用。由于分析、实验和生物的模糊性，代谢组学数据集经常包含异常值，但目前可用的差异代谢物识别...
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GSEA会用了，来了解下DGSEA？
差异基因集富集分析(DGSEA)是对Broad Institute / MIT的原始的Gene Set Enrichment Aanlysis（GSEA）分析算法的改进。它是...
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MonaGO：一款新颖的交互式富集分析web工具
Monash Gene Ontology (MonaGO) 是一种新颖的基于 Web 的可视化系统，它提供了一个直观、交互式和响应式的界面，用于执行 GO 富集分析和可视化结...
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基于R语言绘制Network几种方式平时对于网络图的绘制，一般我们都会在R中生成边和点列表后导入到Cytoscape和Gephi等的本地工具软件当中，而R语言中也自带有不少优秀的包也可精美的可视化我们的数据，所...
