应该是阈值太高了，没有被富集到的通路
RNA-seq(9):功能富集分析这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
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请问过滤的依据是怎么来的
TMB: gene panels 计算
panel target 测序来计算TMB，panel基因数目大于500个，region大于3M，组织样本去重后平均深度500X 单样本 TMB 计算突变过滤（1）同义突变，...
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merge_HLA_result.py在哪下载
HLA分型工具--HLAscan
HLAscan: genotyping of the HLA region using next-generation sequencing data 原文地址： https...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads
把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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Gencode数据库1. Gencode 官网：https://www.gencodegenes.org/ 1.1 The GENCODE Project: Encyclopædia of ge...
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概览刘小泽写于19.5.7主要看流程，这一篇不涉及真实数据展示 总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、...
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比对那一步bwa mem需要用到参考基因组吧，那参考基因组就不能等到BQSR那一步再下了
GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的网站，以前经常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服务器最近换了盘，很多代码路径都变了，网上关于GATK4的教...
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Panel of Normals简述
A Panel of Normal即PON 是在Somatic calling中非常重要的参考，尤其是对于没有对照的单肿瘤样本。 PON的共同特点 尽管我们可以构建各种各样的...
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# wes分析时的bed文件相关问题
在WES中，因为测序只针对外显子区域。因此，我们就当只分析外显子区域，这就需要引入一个表示外显子区域的INTERVAL文件，既可加快分析速度，也可以降低OFF-TARGET，...
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Conda安装qiime2（目前最有效的方法）一、环境 linux-ubuntuanaconda3/miniconda 二、实操演示 1.conda是安装QIIME2的首选工具，但是很多国内的朋友苦于无法链接网络问题导致...
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fasta文件与fastq文件相互转化
fastq转化为fasta 一般应该是由fastq转化为fasta(给出四种): fasta改为fastq fasta文件缺失信息，假设quality score of 40...
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RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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[R] 如何快速生成许多差异明显的颜色？这个需求真的太常见了！注意问题强调的几个关键词：一是快速，二是大量，三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本，比如宏基因组中的物种分析： 方法一：自定义 自定义...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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set.seed()作用
R语言中set.seed()作用是设定生成随机数的种子，种子是为了让结果具有重复性，重现结果。如果不设定种子，生成的随机数无法重现。 后两次在设定了相同的种子前提下，生成的随...
