把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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Panel of Normals简述
A Panel of Normal即PON 是在Somatic calling中非常重要的参考，尤其是对于没有对照的单肿瘤样本。 PON的共同特点 尽管我们可以构建各种各样的...
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# wes分析时的bed文件相关问题
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fasta文件与fastq文件相互转化
fastq转化为fasta 一般应该是由fastq转化为fasta(给出四种): fasta改为fastq fasta文件缺失信息，假设quality score of 40...
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RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
