背景 feature 定义：基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 优点：利于分类整理结果。 两类测序bias 长度bi...
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关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
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方便快捷的smallRNA数据分析流程前言 今天来跟大家分享一个smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiology.net/]。这个流程是...
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CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方热图 - 伪三维Emmm, 今天的主图， 写在前面 博士毕业论文中，使用的样品包括： 不同的类型 / 或者说不同的组织 不同的时间 / 或者说时间序列所以，是一个多X多的设计。对于这类实验设...
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R绘图 | 两组genes的累积曲线分布比较！
出发点： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
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bamtofastq 将bam文件转成fastq文件目标 通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtoo...
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2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）刘小泽写于19.6.8之前最开始学习IGV的时候写过两篇推文，当时简单做了了解，但有朋友说意犹未尽，嗯我也这么觉得，总觉得还是学的不够。推荐阅读：https://github...
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【陈巍学基因-3】small RNA-seqMicro RNA参与许多的生命调节过程，是近十年来的一个研究重点。 这次介绍：1.small RNA建库测序方法2.small RNA的生物信息学分析 表达量差异分析 聚类...
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生信介绍-资源分享与汇总
1. linux 学习：http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/ 2.python：http...
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bedtools intersect简单介绍整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 一般而言，我们获得了MACS的peak calling结果时，我们会想探...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会...
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Kaplan-Meier生存分析的结果解读和绘制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
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利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。TCGA...
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不常上线，有事可以找@547的小书童呀
