经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。 文中使用...
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简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2 -
DESeq2分析转录组数据（一）：构建DESeq数据集初学RNA-seq，用于有参原核转录组的分析，主要参照DESeq2说明书：(Analyzing RNA-seq data with DESeq2)和(RNA-seq work...
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scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 一、读入数据。 Read10X(...
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Seurat重要命令汇总
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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单细胞测序-EWCE包本文主要目的是确定筛选的差异基因主要富集在哪些细胞中，可查看官方protocol https://github.com/NathanSkene/EWCE 首先，确定ctd数据...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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R包DropletUtils使用bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
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2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象
第一步：从GEO数据库下载.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578 第二步:Rs...
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FindClusters选择多少resolution合适？日常瞎掰 昨天看到一个关于女孩找对象方面的笑话，大概内容是这样的：一个女孩天天为应该找一个什么样的男朋友而纠结，于是这个女孩便向大师寻求帮助。 “大师，我应该找一个什么...
