植物毕其一生要与环境病原物进行抗争，其利用大量的细胞表面和细胞内的免疫受体来感知与病原体感染相关的各种免疫原性信号，并激活防御。植物能够识别周遭的“非自身”分子，并且做出生理...
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植物免疫|MAMPs, DAMPs, NAMPs & PAMPs -
R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组）之间共有（或特有）元素的数量（或比例）。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到...
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输入两个亲本基因组，输出变异位点，快速开发分子标记引物写在前面 「育种」是目前大多关心的事情。杂交育种仍然是目前最为常用的育种手段。任何方法创新的优异材料，下一步都可能应用于杂交育种。反过来，「基因定位」则是基于杂交群体，开发分...
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RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...
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应该是data做了一步log（1+TPM）处理吧，没加上去
有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析
TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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同样的，后面ggpubr也是这个问题...变成了直接用tpm作图，出图效果很差，还是要加上log2（1+TPM）才行...
有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析
TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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石河子大学第一附属医院泌尿外科副主任医师
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ggplot(data,aes(x=sample,y=expression,fill=group))+geom_boxplot() + theme_bw()+ xlab(NULL) + ylab("log2(TPM+1)")这一步有误，应该为：
ggplot(data, aes(x = sample, y = log2(1+expression), fill = group)) +geom_boxplot() + theme_bw() + xlab(NULL) + ylab("log2(TPM+1)")有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析
TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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跟着JoVE学作图：R语言ggplot2做簇状柱形图并添加显著性标记的完整示例昨天的推文发出后，好多人留言问如何添加显著性标记，今天的推文介绍下如何在簇状柱形图的基础上添加显著性标记 添加显著性标记用到的是ggsignif包中的geom_signif(...
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可变剪接鉴定软件rMATS的结果文件内容说明是的，本篇不讲解软件的安装使用，因为网上的教程已经非常多了。 但是有关rMATS的输出结果，网上的教程都很少提到，结果应该怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老师或同学们拿...
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使用edgeR进行无重复差异表达分析写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...
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R数据可视化21:Edge Bundling图N久没有更新了，最近一段时间有点繁忙。今天，一起来学习一下一个和Circo图差不多的图：Edge Bunding图（不知道中文咋翻译）。其实在我看来都只是不同形式的网络图。 ...
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本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
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R数据可视化24: 环状热图懒人617回归，其实并没有偷懒。最近一直忙碌于手中的课题，没有时间来写文（当然这都不是借口）。作为一个有包袱的生信博主，我要守护住我的优秀创作者徽章。废话不多说，今天我们共同...
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GTF文件读取
GTF简介 GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列...
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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@hzgdtd 可以这样的，组蛋白研究会有这一用法来查找组蛋白枯竭区域
第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化
上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下来就是对p...
