作业要求： 根据给定的两个数据文件genefile.txt（基因表达谱）和geneid（基因ID号），利用熵值评价各个基因的表达稳定性，并找出前10个表达最不稳定的基因（可能...
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1025利用熵评估基因表达的不稳定性 -
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GEO数据挖掘（二）基因差异分析数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236[https://www.ncbi.nlm.n...
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AI | 绘制通路图与热图的组合图经常有小伙伴问如何绘制下图这样代谢通路与热图的组合图，其中的代谢通路一般都需要经过“简化合并”，而热图一般使用通路中部分关键基因的表达量差异倍数（Log2FC）进行绘制，这样...
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一图五维联合展示GO、Pathway富集分析结果GO和Pathway富集分析是功能分析不可或缺的一部分，GO和Pathway富集分析结果的展示也是五花八门：条形图，气泡图，山脊图等等。由于GO分成三部分：生物过程（Biol...
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ggplot2优雅的绘制饼状热图欢迎关注R语言数据分析指南 最近看到一张非常有意思的图，暂且称之为饼状热图,与corrplot所绘制的有所不同此图使用的为离散型变量，例图如下所展示；由于作者未提供原始数据，...
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m6A-lncRNA week01
title: "m6A-LGG-week1"author: "Hannisal"date: "2020/10/3" 1.TCGA的数据下载 用TCGA官网的GDC工具下载，需...
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单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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有一个问题 如果该R包可以像NMF包extract函数提取最具代表性的基因就好了
【R>>MOVICS】多组学+亚型秘密武器
MOVICS包整合多组学数据进行分析，其安装的过程太让人心酸，大家安装的过程慢慢体会，下面就来学习下这个由“大鱼海棠”老师开发的R包吧。 1.示例数据 brca.tcga.R...
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怎么在图中添加标签？谢谢
批量处理——两基因不同组别中的相关性
相比于网页工具，使用编程语言处理科研数据的一大优势，在于高度的定制化，以及批量处理数据的快捷性和高效性 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.j...
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可以讲一下VAE吗。谢谢
数据分析：Autoencoder in R
介绍 auoteencoder是深度学习的一类算法之一，由encoder, latent space和decoder组成(见下图)。 packages train data ...
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可以使用shiny或者flask
web前端访问数据库
实验室的项目搭建了个web平台，会访问数据库的数据然后用echarts去绘制出统计图。今天研究了一下前端如何去访问后台数据库的，主要不是学的Java，对Java的一些类还是不...
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利用全基因组和外显子组测序分析snv,cnv,sv等突变形式
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跟着Cell学作图|7.富集分析(Metascape数据库)跟着Cell学作图|7.富集分析(Metascape数据库) “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。” DOI: 10.1016/j.cell.2020...
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应用genefu对自定义数据集进行PAM50分型
网络上几乎没有教材，很无奈，使用异常艰难，加之作者本身写的软件用法也很复杂，学界实在缺乏工匠精神，很少考虑用户体验，没办法了，只能自己一点一点啃了。 注：本文代码参考于生信技...
