Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在Nature Biotechnology上。Palantir将细胞分化模拟为一个随机的过程...
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使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析
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# 删除某个conda环境： conda env remove --name my_env_name
2023-09-28 linux-conda
克隆conda环境 conda create --name your_env_name --clone a_path_of_my_env
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# 查看conda环境：conda env list
# 删除某个conda环境： conda env move --name my_env_name
# 创建新的conda环境： conda create -n my_env_name
# 激活某个conda环境： conda activate my_env_name
# 退出当前conda环境： conda deactivate2023-09-28 linux-conda
克隆conda环境 conda create --name your_env_name --clone a_path_of_my_env
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2023-09-28 linux-conda
克隆conda环境 conda create --name your_env_name --clone a_path_of_my_env
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2023-09-27
清屏 import osos.system('clear') # On Unix/Linux/macOS 查询是否加载某个包 import sys 检查模块是否已加载 mo...
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2023-09-07 MAD: median absolute deviation绝对中位差
公式：MAD = median (|Xi -median(X)|)解释：先计算出数据与它们中位数之间的残差（偏差），MAD是这些偏差的绝对值的中位数。 R语言MAD函数：st...
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Github Copilot 使用技巧
GitHub Copilot是一款由GitHub和OpenAI联合开发的人工智能编程工具，它使用机器学习技术从代码库中学习并为用户生成代码建议。Copilot可以极大地提高编...
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【R去重】 保留第一个重复/去所有的重复参考： R语言第二章数据处理③删除重复数据果子学生信 1.保留第一个重复: A,A,B,C --->A,B,C2.去掉所有重复:A,A,B,C --->B,C一般情况函数默认...
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R aggregate()函数一：介绍： aggregate函数是数据处理中常用到的函数，具有强大的功能。可以按照要求把数据打组聚合，然后对聚合以后的数据进行加和、求平均等各种操作。具体说明可使用命令：h...
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基因表达趋势分析-2：Mfuzz基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一个扩展功能R包，可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据，之后还会添加其他基于染...
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scATAC数据分析的正确打开方式-Signac
简介 单细胞测序技术是近十年最伟大的科学进展之一，其涵盖多方面的内容。scRNA-seq想必大家都较为熟悉，但是scATAC-seq出现在大家印象中的次数并不多，但是这种现象...
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Cicero:一个单细胞染色质可及性实验可视化R包
本文可在http://xuzhougeng.top/免费阅读原文 Cicero是一个单细胞染色质可及性实验可视化R包。Cicero的主要功能就是使用单细胞染色质可及性数据通过...
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一只末流985生物
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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ggplot2 配色ggplot2的提供了海量的默认配色方案和DIY配色选项，根据色彩显示类型一般分为连续型（渐变色）和离散型（差异色）两种。 连续型标尺： 根据颜色梯度色彩数量划分，共有三类连...
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【R】行或列数目不同的两个数据框如何用rbind/cbind合并？
前言 通常我们用rbind和cbind合并相同行列的数据框。当两个数据框具有不同行列数目时，直接用会报错。 rbind/cbind对于行列名称一定要相同，顺序可不同，例如： ...
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WGCNA实例分析及解读（附代码）WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块...
