发简信
IP属地：重庆
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marker list的富集分析
前面获得的来自于不同celltype的marker，或者不同cluster的marker，或者每个celltype中不同分组的差异基因，上述marker构成的列表形式，可以直...
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鉴定不同分组间的差异表达基因
鉴定每一个cluster分组间的差异基因 group.by为分组属性， metadata中的列名, group.1,group.2,为属性中的两个水平 split为拆分的类群...
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umap图中绘制样本类型的密度分布
加载所需包 加载函数 res：分辨率越高density的单位面积越小，根据细胞数目取值从10-100 type.1和type.2分别为sample_type的两个因子 typ...
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Seurat单细胞分析常见代码-01
1.如何通过Seurat对象获取细胞对应的坐标? 2.如何通过Seurat对象获取原始表达数据? 3.提取特定基因阳性表达的细胞？ 4.修改tsne/umap图的配色 5.查...
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检验各个cluster在分组间的比例差异
加载需要用的包 加载函数 加载数据 group：orig.ident为样本名，sample_type为对应的分组 comparisons：需要做检验的分组
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鼠鼠我啊......要变成挂科鼠了<br><br>（尽量周更，欢迎监督qaq）
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比较不同分组间 基因的表达差异（Boxplot显著性分析）
加载包 group为metadata中的某个colname，按照某个因素进行比较 comparisons为上述选择因素中因子的不同水平，比如"condition"这个因素下，...
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利用maSigPro包进行时间序列分析
过滤数据,至少在一个样本中表达水平大于n，exp.data是标准化的表达矩阵FPKM，RPKM 过滤数据,将0的数据替换为0.001 添加表达量函数 时间序列分析 读入数据 ...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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ggplot2绘制带有显著性分析的box plot
基本函数：sample_exp为不同年龄分组的表达矩阵 单细胞数据seurat_object：seurat_object_list为按照某个meta.data中的因素如cel...
