两年前有不少人在BIOENGINEERED这本期刊上发表过纯生信，当时这本期刊对纯生信特别友好，每10篇纯生信当中，起码会接收6到7篇，审稿速度也是比较快，被无数人称为纯生信...
发简信
IP属地：山东
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曾经的纯生信超级水刊，如今已经高攀不起
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小麦ChIP-seq初步分析前言 最近一直在看小麦表观遗传相关的文献，然后下载了文章中的数据进行分析，分析的流程大致跟网上教程相似，但是由于小麦基因组比较大（16G），研究不像人类，小鼠及一些模式植物广...
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学习Linux的循环: 批量blast
最常用的Linux循环应该是for和while，记录两个直接输入command的实例（输出Ta开头的所有文件名字）： 开始正片：使用同一个query批量blast文件夹下所有...
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洲更大佬您好，想请教macOS怎么将MACS2加到环境变量中？
我现在的情况是 macos（intel），zsh shell：已经把Macs2的路径加到.zshrc和bash_profile,在不同的conda env甚至退出conda后都可以调用Macs2（疑似已经加到环境变量了）；但是在R里依然没法直接调用，软件也是做scATAC-seq的Socrates，它也没法主动查找mcs2的路径，没试过ArchR。使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十章)
本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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@da545e457102 我用的R version 4.1.0 (2021-05-18) ; ChIPseeker v1.28.3，没报错哦
ChIP-seq之ChIPseeker注释peaks
100天生信-Day4 最近在做类ChIP-seq，看了一下使用ChIPseeker注释peaks的方法，保存一下代码： 参考教程：https://www.jieandze1...
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python学习：primer3-py批量设计引物
100天生信-Day11 最近一直在做湿实验，需要大量设计引物，发现primer3有python版本，可以批量设计，简直神器。 参考教程：https://mp.weixin....
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ChIP-seq之fastp质控+过滤
100天生信-Day9 所有高通量测序的下机数据一般都要进行质控，检测数据质量，并去除低质量reads。之前比较常用的是fastQC质控 + cutadapt去接头 + Tr...
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ChIP-seq之samtools简单命令
100天生信-Day7 ChIP-seq拉下来的reads经过mapping生成.sam文件，sam文件使用samtools转bam，再sort，，最终的bam文件再去跑MA...
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R数据处理之长宽数据转换
100天生信-Day6 长数据和宽数据是满足不同分析的两种数据格式，可以很方便用R的reshape2包转换，代码如下： 参考教程：https://cloud.tencent....
