十二大信号通路概述 MAPK信号通路 Notch信号通路 PI3K/ALK信号通路 Hippo信号通路 RTK相关信号通路 Hedgehog信号通路...
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十二大经典信号通路概述
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基因ID转换方法总结1. clusterProfiler包，bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO...
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2021-07-17 MAPK/ERK通路简介有丝分裂原激活的蛋白激酶(MAPK)是在真核生物中非常保守的丝/苏氨酸蛋白激酶，在生长增殖，细胞分化，细胞运动或死亡等细胞活动中发挥重要的调控作用。MAPK级联信号传导由3 ...
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数据可视化的常用在线图表工具推荐想要通过数据得到美观的图表，除了基础版的excel，专业版的Power BI和Tableau、技术版的python-matplotlib库，R语言等等，还有一些比基础版较为高...
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2021-07-31 细胞焦亡程序性细胞死亡(Programmed Cell Death, PCD)，是指细胞接受某种信号或受到某些因素刺激后，为了维持内环境稳定而发生的一种主动性消亡过程。凋亡、自噬、细...
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TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（一）前言 TCGAbiolinks 是一个利用 GDC API 接口来查询、下载和分析 TCGA 数据库的数据的 R 包 TCGAbiolinks 包的功能主要可以分为三大块： ...
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单细胞笔记1-Seurat标准流程
加载数据集 pbmc.data <- Read10X(data.dir = "../data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")...
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快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。 如果是要做KEGG的富集分析，cl...
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2021-04-16 泛素-蛋白酶体途径泛素 泛素(ubiquitin，UB)是一类含76个氨基酸、大小约为8.6 kDa的小蛋白质，在真核生物中普遍存在且高度保守。人类基因组中有四个基因编码泛素的基因：UBB，U...
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值得收藏——10个蛋白结构分析预测和相关信号转导网站上期小编给大家介绍了疾病与基因突变相关的数据库，今天小编为大家介绍几个与基因产物——蛋白质相关的几个网站，希望对大家有所帮助，感兴趣的小伙伴可以收藏起来，也欢迎点赞和关注哦！...
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NetPhos 3.1--蛋白磷酸化位点预测蛋白磷酸化修饰：蛋白磷酸化是一种非常普遍存在的翻译后修饰（Protein post-translational modification，PTM）的一种类型。蛋白质的磷酸化是...
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SCENIC单细胞转录因子分析介绍及操作| 1. 简介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml]（singl...
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10 靶点预测跟着学长学习了一些靶点预测的方法，主要使用到的工具有以下两种 瑞士靶点预测：http://www.swisstargetprediction.ch/index.php[htt...
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转录组测序1-测序原始数据说明
转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的...
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数据挖掘20210114学习笔记GEO数据挖掘 图表介绍 1.热图 ·输入数据是数值型矩阵\数据框·颜色的变化表示熟知的大小 2.散点图和箱线图 箱线图：输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量（重复值）箱...
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交集展示——韦恩图与集合图对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的;但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解...
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GEO数据挖掘学习笔记二
学习教程来源于《手把手教你GEO数据库差异基因分析》 本次学习笔记内容为通过GEO2R在线工具进行差异基因分析 通过了解，个人觉得这个方法相比R语言的优势是更普适性，以及更加...
