适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08 -
Mac安装pySCENIC和简单测试
最近有一个分析任务，需要做转录因子调控网络分析，需要安装pySCENIC这个工具，颇费周折，下面是我的成功安装记录，直接拿去实践。 1.系统环境 # system Darwi...
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安装pySCENIC报错安装pySCENIC报错：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'. 刚开始安装pySCENIC的代码...
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三种空间组学数据类型的读取你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，我们就和大家一起来学习多种类型...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之Pandohello，又是新的一周，我们又要开始分享一些前言的内容了，大家一定要与时俱进，不要裹足不前。 今天的内容是分析单细胞或者空间转录组数据的调控网络分析,这个方法需要用到scR...
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10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
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一个人最宝贵的东西是什么？
午夜时分，刚忙完工作，就最近发生的在自己身上的事情，来写写文字，记录一下自己的感受和思考，发到网上也是为了和广大网友交流、学习，共同进步。 就是去年十月份的时候，我所在的公司...
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一觉醒来生信工程师的天塌了大家好，沉寂很久，我又回来了。当前的人工智能（Artificial Intelligence，AI）大浪潮汹涌澎湃，AI大语言模型质的突破，加速了人类实现通用AI和强AI的进...
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Seurat: 修改 active.ident
1. Seurat 自带方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己写的方法
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单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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SeuratData内置数据集的安装使用
SeuratData SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集...
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mouse和human的rRNA参考序列数据库
1. ##从rfam下载所有的序列## wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.0/fasta_files/* cat ...
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Rfam的安装和使用Rfam是用来鉴定非编码RNA的数据库，常用于注释新的核酸序列或基因组序列。 最新版本的Rfam14.4，已经包含了3941个家族。 Rfam官方网址：https://rfa...
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R语言接受命令行参数的三种方式
R语言接受命令行参数的三种方式 最近要用一下R的命令行，但是发现命令行参数不是很友好，就总结了一下目前常用的R的命令行参数的接受方法。 平常我们使用R语言的时候常常都是在交互...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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scRNA-Seq | 单细胞亚群合并与提取本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
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Linux下的并行神器——parallel
GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 1、parallel 用法简介 1.1...
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植物基因组学-专属于小麦的测序数据库IWGSC今天将为大家介绍小麦的特有的生物学网站，该数据库是由国际小麦基因组测序联盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium,...