发简信
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Dendropy是一个Python 的库，专门用来进行进化树的计算。他提供了用于模拟、处理、操作进化树的类和方法。他支持读写多种格式的进化数据，比如NEXUS，NEWICK，NeXML，Phylip，FASTA等等。
2019-06-04-多基因联合建树MP-EST（mpest）
MP-EST通过maximizing a pseudo-likelihood function 从一组rooted gene trees构建物种树。MP-EST2.0 可以识...
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@铃_0d92 好的，谢谢
PSMC分析有效群体大小（Ne）
1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Ref_genome.fa: 组装...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来...
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写的好详细，不过我实验室没钱测GWAS，只能上简化基因组，不知道能不能用这套流程
GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来...
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请问一下，无参的简化基因组可以做这个分析吗，没有参考基因组，用的2b-RAD测的几个群体的数据
PSMC分析有效群体大小（Ne）
1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Ref_genome.fa: 组装...
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2021-11-26
# -*- coding: utf-8 -*- # callCodeML # Verson: 2.0 # Date: 2021.11.15 # This is used to...
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选择压力分析，从序列下载到结果绘图选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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老师，为什么我调用这个脚本一直卡在 （| 0/10 [00:00<?, ?it/s]
2021-11-09 14:41:17 Staring ModelA null of OG0023126 ...）这样的界面，终止后会生成一个基因的文件，但是里面的结果文件都是空的选择压力分析，从序列下载到结果绘图
选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
