前提： 群体callsnp的时候是按个体来生成gvcf的，按染色体来合并gvcf更为快捷 然后合并 推荐可以使用一些并行的软件，大大加快call snp速度
发简信
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ATAC、CUT&tag生物学重复callpeak笔记表观组数据在call-peak的时候选取的方法还是很多的，这里简单记录一下 1 先call-peak后取peak交集 可以使用 IDR统计一致性较好的peak然后bedtoo...
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作者大大你好，请问install.packages("./org.Cferus.eg.db/",repos=NULL,type="source")
* installing *source* package ‘org.Cferus.eg.db’ ...
** using staged installation
Error : DESCRIPTION文件不对
畸形维修人员域.
See section 'The DESCRIPTION file' in the 'Writing R Extensions'
manual.
ERROR: installing package DESCRIPTION failed for package ‘org.Cferus.eg.db’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/org.Cferus.eg.db’
Warning in install.packages :
安装程序包‘./org.Cferus.eg.db/’时退出狀態的值不是0
这种情况是不是因为我的源码编译问题呀，我是mac电脑。生信 | 构建物种的OrgDb
写在前面 本文主要参考生信小白2018[https://www.jianshu.com/p/bb4281e6604e]与多啦A梦的时光机[https://www.jiansh...
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parallelLastz使用初探
parallelLastz使用初探 尝试计算一下保守性分数，但是教程推荐软件lastz[https://www.biochen.org/cn/blog/]不支持并行，还是得与...
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大佬，config.json里面的target与queries一定是要contig与refence这种顺序吗。
结构变异SV的鉴定--smartie-sv与bayestyper
最近一直在折腾结构变异SV的鉴定，SV的鉴定软件虽然很多，但是在最近的两篇基因组文章里面，主要用的是smartie-sv和bayesTyper，其中smartie-sv主要用...
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结构变异SV的鉴定--smartie-sv与bayestyper
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你好，请问我将contig升级为scaffold，发现里面还有很多没有contig，加了-C 也没有解决怎么办呢
RagTag基于参考基因组的组装和GeMoMa注释
RagTag安装及使用 说明书：https://www.jianshu.com/p/c18f7cac43c6[https://www.jianshu.com/p/c18f7c...
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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