在对bam文件进行排序后，需要去除重复序列，以减少后续分析的计算压力。 sam文件转换为bam文件——SAMtools - 简书 (jiansh...
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SAMtools——bam文件去重
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GATK4——gVCF转VCF
gVCF文件生成：GATK4 —— Variant Calling （SNP+indel） - 简书 (jianshu.com)[https:/...
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超级泛基因组时代｜最新泛基因组构建策略推荐超级泛基因组：代表一个属内所有物种的基因组信息，是对泛基因组的进一步扩展。 2020年发表在TrendinPlantScience上的“Supe...
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GWAS学习笔记（2）-GWAS分析具体流程y一、认识文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped（pedigree，家系）：包含样本的...
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使用EDTA进行TE注释
一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合...
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群体遗传|根据SNP验证自然选择
XPEHH参见: https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw[https://mp.we...
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八行代码搞定内参基因筛选-R版本的NormFinder写在前面 硕士毕业做的大豆内参基因的筛选，当时用了geNorm, NormFinder和BestKeeper三个软件，geNorm 不需要多说，...
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内参基因筛选在线版GeNorm和NormFinder工具发布作者：ahworld链接：内参基因筛选在线版GeNorm和NormFinder工具发布[https://mp.weixin.qq.com/s/K...
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重测序分析（18）GWAS分析实操（4）gwas_tassel_mlm混合线性模型MLM：GLM模型中，如果两个表型差异很大，但群体本身还含有其他的遗传差异（如地域等），则那些与该表型无关的遗传差异也会影响到相关性...
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二代群体遗传与重测序（下）五.种群历史与基因交流 书接上回https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jians...
专题公告
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