继续上面MetaNeighbor 1的学习，我们做第二个测试数据，第二组场景的测试。 ========测试数据2============ 第二个...

日常瞎掰   最近在分析scRNA-seq的数据，三个样本数据不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下载公共数据的样本，这样一捣腾，Seua...

前言 说到对单细胞亚群进行定义，那对很多分析单细胞数据的小伙伴来说都是最头疼的事情之一了。因为定义细胞的正确与否直接关系到后续分析所有结果的准确...

我在前面也分享过几篇关于WGCNA的帖子，其实WGCNA本身就是对基因进行了加权共表达，合理分组的结果。 如果对于一个表达量矩阵，本身就至于2个...

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列 今天的目标就是: 将第一列barcode plot到umap上 将...

本文的思路是通过单细胞数据分析识别了某种免疫细胞特有的marker基因，然后利用这些基因进行预后模型的构建。事实上，预后模型的文章已经不好发了，...

一、scRNAseq和Mass cytometry揭示小鼠动脉粥样硬化免疫图谱 1. Single-Cell Transcriptomes Id...

Seurat可以利用PercentageFeatureSet计算线粒体基因比例并添加到meta.data，但是我们在使用 sce[["perce...

前言 Immugent在之前的一篇推文：SCPA（一）：揭示两群细胞通路差异的优化流程[https://mp.weixin.qq.com/s?_...