前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备...
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fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就...
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生信常用文件格式2021.6.6 1. 序列格式 1.1 fasta 简介一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个...
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生信地基系列--tabix高通量测序产生的存放大量数据的文件往往十分庞大，即使是压缩文件，也有几十G到几百G，这样的文件获取其中某一区间信息的时候使用常用的Linux命令...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除...
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生信格式中的0-base与1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Bro...
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Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch...
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生信工具1: SRAToolkitSRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorr...
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破案了！blast建库中-parse_seqids的用意
建库的代码，加上-parse_seqids提示 BLAST Database creation error: Near line 6001, t...
专题公告
涉及基因组本身的生物信息学流程及分析
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