一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到的上游软件就是featureCounts和...
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featureCounts 得到的counts计算 cpm、 tpm、FPKM
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使用DEseq2计算FPKM后计算TPM
使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。 该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外...
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美...
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基因家族MEGA建树及iTOL基础美化【详解注释文件】使用MEGAX构建系统发育树 先进行多序列比对，muscle, clustalW, 可参考文献选择一种 区别见：http://blog.scie...
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iTOL美化系统发育树前言：我在美化进化树的时候，某站上搜了很多视频，但是都是寥寥几句带过，没有太大的实用价值，于是我下定决心要在iTOL官网学习，便摸索出了对于我自...
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TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的...
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TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！写在前面 全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经...
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基因家族分析一(NBS基因家族鉴定)一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利用clustalw进行多序列比...
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TBtools | 保守 Motifs 到底属于哪个结构域写在前面 TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能，其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (...
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TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2基因-共线性的定义与常见算法原理 物种内的共线性分析文件准备（物种比对到自身的.blast文件，物种基因信息文件.gff文件），运行MCScan...
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