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Qiime1
18篇文章 · 12048字 · 5人关注
  • Qiime1-18.HUMAnN2分析通路

    HUMAnN2是由Huttenhower组发布的，基于全基因组测序数据用于计算基因丰度的软件。本节我们要用其对PICRUSt产生KEGG gen...

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  • Qiime1-17.PICRUSt-16S预测宏基因组？

    16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给出菌群丰度信息。但是PICRU...

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    Qiime1-16.LEfSe输入文件如何生成？如何使用LEfSe？

    今天我们要来介绍在16S分析中经常用到的另一个在线分析工具LEfSe。该工具是由Huttenhower小组开发的，用于通过相对丰度来发现2个或更...

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  • Qiime1-15.一键打包所有分析：Core Diversity Analysis

    在之前我们已经介绍了Alpha、Beta、物种分类、差异性等一系列的分析，本节我们要介绍一个命令，打包了之前所有的分析内容。 core_dive...

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  • Qiime1-14.利用监督学习进行分类

    机器学习是一种目前流行且使用的生物信息分析方法。本节我们将基于菌群的丰度利用机器学习的方法建立分类器，对样本进行分类。 在运行命令之前，建议使用...

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    Qiime1-13.菌群组成与指标相关性分析（自带命令及MaAslin）

    你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和metadata中指标之间的相关性。...

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  • Qiime1-12.菌群组成分析

    本节就要进入更为关键的分析流程了——菌群组成的分析。进行16S测序的目的就是为了研究不同样本间的菌群组成差异，本节我们将讲解如何用qiime1绘...

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    Qiime1-11.Beta多样性分析

    本节我们介绍Beta多样性的分析。 Beta多样性 分析微生物的Beta多样性可以直接使用Qiime1中的beta_diversity_thro...

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  • Qiime1-10.Alpha多样性分析

    本节我们将介绍Alpha多样性如何分析，具体包括三部分的内容：Alpha稀释曲线、计算比较Alpha多样性的差异、Mapping文件中添加Alp...

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