当幕府和朝廷收到蒙古国书的那一刻，他们才意识到危机的来临，而有一人却早已先知先觉，预言日本将遭遇一场前所未有的外敌入侵的大灾难，此人就是日莲和尚。
贞应元年（公元1222年）三月三十日，日莲出生于安房国长狭郡东条小凑町一个贫苦的渔民家庭，俗姓贯名氏，相传小名善日麿，药王丸，父亲名叫贯名次郎重忠，母亲叫梅菊。
善日麿从小聪慧好学，12岁便进入家乡的清澄山寺，师从道善法师学习天台、真言佛典，开始了修行生活，终日与青灯古佛作伴。
清澄山寺为慈觉大师圆仁创立的天台密教山林修行的重要道场，到镰仓时代已经成为专念阿弥陀佛，希求往生西方净土的古刹。
据说善日麿入寺后，便向虚空藏菩萨发愿，希望成为日本第一智者，此后他勤学苦修六年，博览佛家各宗派的经典。
仁治元年（公元1240年），十八岁的善日麿正式受戒出家，法名“圣房莲长”。
年轻的日莲始终致力于济世救人，然而在他修行的过程中，一直有一个困惑在他的心中挥之不去，这个国家从统治者到平民百姓都崇信佛法，但为什么这个世道依旧如此混乱，百姓依旧痛苦不堪。
为了寻找真理，探求救世之道，他于宽元二年（公元1243年）毅然离开清澄山寺，踏上了长达十多年的游学之路。
他先后前往镰仓、京都、高野山、四天王寺、奈良、比睿山等大德高僧的云集之地巡访修行，在这十余年间，日莲对当时日本流行的佛教诸宗派的教义进行了仔细研究与考察，对各宗派的优缺点有了全面而深刻的认识。他认为各派都是根据自己的需要解释经典，其中存有不少偏颇和不足之处，须由一种观点来统一诸派佛法，如今看来，无论是三论、法相、华严诸宗，还是天台、真言二宗的教义均无法担当此任。
日莲思索良久，最终得出一个结论：世间最优的佛法是《法华经》，只有皈依法华才是济世救民与治国安邦的根本之道。
建长五年（公元1253年），日莲回到了阔别已久的故乡安房国，此时他的佛学理论业已形成。
四月二十八日的清晨，日莲登上清澄山东部旭森峰顶，晨曦的山间，薄雾缭绕，凉风轻轻拂过他的脸颊，日莲极目远眺，遥望苍翠的林海和海面冉冉升起的一轮朝阳，大声吟诵“南无妙法莲华经”七个字有十遍之多。
随后，他来到清澄寺佛堂，将自己的法号改为“日莲”，并公开宣讲，攻击净土宗、禅宗、密宗、律宗，他说：念佛会堕入无间地狱；禅宗是天魔的作为；真言是亡国的恶行；律宗是国贼的妄说（念佛无间，禅天魔，真言亡国，律国贼），史称“四条格言”，他唯一没有指摘的是天台宗，毕竟他出身于天台宗，自然不会攻击自己的师门。然而日莲惊世骇俗的言论，非但没有博得其他宗派的认可，反而将他们全都得罪了，引来了各派僧人和信徒的猛烈攻击，就连日莲的入门师长道善也容不下他了，宣布与其断绝师徒关系，当地信仰净土宗的地头东条景信得知日莲的所言所行之后，极为愤慨，便立即将他逐出山门。
日莲在清澄山已无立锥之地，不得不再次离开故乡，辗转至镰仓。日莲来到镰仓之后，在其东部山麓建起了草庵以作栖身之所，然后他就天天在镰仓的街头巷尾向民众宣讲“四条格言”，高唱《法华经》题目，宣传自己的理念。
日莲这种独特而新奇的传教方式，不可避免地招致一部分人的冷眼和鄙夷，有些人将他视作“狂汉”予以驱赶殴打。
面对诸多窘境，日莲依旧初心不改，他走街串巷，积极弘法，功夫不负有心人，最终赢得了一帮忠实的信众，在佛教宗派林立的镰仓站稳了脚跟。
康元至正元年间（公元1257—1259年），关东地区天灾人祸不断，地震、洪水、暴风、寒潮接踵而至，各地房屋损毁，田地荒芜，粮食减产，百姓流离失所，社会动荡不安，随之而来的便是饥馑和瘟疫的流行。面对前所未有的灾祸，幕府上下人心惶惶，束手无策，执政的北条氏为应对天灾，能做的就只有两件事，一件是敦促朝廷频频改元以重振国运；另一件则是命令全国寺社，举行法会，以祈福降灾，可见当时的日本人有多么迷信。
日莲亲眼目睹了灾难和民间的疾苦，他认为这连连灾祸的始作俑者是净土宗，净土宗背离佛法的宣教，均为“邪法”、“恶法”，最终才招致上天的惩罚。于是在正元元年（公元1259年），日莲写了《守护国家论》这篇文章。
文应元年（公元1260年），日莲又洋洋洒洒写了一篇7000余字的汉文文章，这便是历史上著名的《立正安国论》。日莲通过寺社奉行宿屋左卫门尉（宿屋光则）将这篇文章转交给了前幕府执权北条时赖。
文中指出国家应禁绝净土宗之邪法，皈依法华正道，奉劝北条时赖要先立正法，再安国家，以《法华经》统一全国佛教作为治国的指导方针，并把日莲宗推广到关东地区乃至全国，如此方可国泰民安，如若不然，国家将会遭受“七难三灾”，最终灭亡。
日莲所谓的“七难三灾”具体指的是“人众疾疫难、他国侵逼难、自界叛逆难、星宿变怪难、日月薄作蚀难、非时风雨难、过时不雨难”以及“谷实、兵革、疫病”。用通俗的话说就是地震、洪水、饥荒、疫病、日食月食、内乱和外敌入侵，其中“他国侵逼难”，也就是外敌入侵将是日本历史上的终极大灾难。
然而，此时禅宗的影响力在幕府与日俱增，因此北条时赖对日莲的神预言并不感冒，也未加理睬。
日莲的一番苦心说教并未获得幕府的认可和重视，反而招来了净土宗的报复。八月二十七日，一帮怒不可遏的净土宗僧众和信徒一把火烧毁了日莲在镰仓松叶谷的草庵，他的教团也遭受了沉重的打击。日莲无处安身，不得不再次逃离，只身前往下总国。
一年之后，他又回到镰仓，并在街头当众抨击净土宗。净土宗僧众忍无可忍，向幕府状告日莲。弘长元年（公元1261年）五月，幕府以“诳言惑众罪”逮捕日莲，将其流放伊豆。
文永五年（公元1268年），蒙古帝国的使者送来了国书，强令日本称臣纳贡，霎时间日本西南沿海被战争的阴云所笼罩。
此时已获赦免，重回镰仓的日莲得知此事后，欣喜若狂，蒙古人的到来不正应验了自己提出的“他国侵逼难”的警世预言吗？
于是，日莲再次向幕府呈上《立正安国论》，并写下来另一篇文章《安国论御勘由来》，进一步警告当政者，只有用《法华经》的“一乘妙法”统一诸宗，才可免除神佛震怒，亡国之灾。不久，他又给幕府执权北条时宗以及建长寺和极乐寺等寺院领导等十一处写信，史称“十一通御书”，以激烈的言辞批评幕府和佛教各派，重申只有“立正”才可“安国”的一贯主张，甚至他还宣称已故幕府执权北条时赖，北条重时已经堕入地狱，这真是语不惊人死不休啊。日莲近乎狂妄的言论，一下子触怒了北条时宗，你骂佛教各派，骂幕府也就算了，连我的老爹和祖宗八代都不放过，连带一起诅咒，这口气着实不能忍。
当年九月，幕府下达了命令，以屡乱国家罪将日莲流放佐渡岛。
文永九年（公元1272年）二月，幕府内部发生了“二月骚动”，日莲所预言的“他国侵逼难”和“自界叛逆难”全部应验。于是，信奉他的教义的人便愈来愈多，许多高级武士也成了他的忠实拥趸，各地的僧人也纷纷前来皈依他的门下，听他设坛讲法。
后来，日莲前往甲斐国巨摩郡的身延山过上了隐居的生活，在当地武士的帮助下，建造了身延山久远寺，此寺成为早期日莲宗教团的据点。日莲在此修行、著述、传教。弘安元年（公元1278年），日莲患病，四年之后的九月，病情开始恶化，此时日莲离开久远寺，前往武藏国池上的本门寺，十月，日莲病亡，享年61岁。
日莲一生经历了蒙元两次入侵日本，他的人生可谓大起大落，但他所创立的日莲宗成为与净土宗、禅宗、真言宗、律宗等并立的日本佛教大宗派，日莲和尚也被后世的信徒尊称为“日莲圣人”。
