1.conda介绍
conda就是类似于一个软件商店
2.下载 安装 激活miniconda
进入清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
找到适合自己电脑的版本,我一开始拖到最底下选择了Mac。。。实际上应该是选Linux版本的。
下载miniconda的命令是:
wege 下载链接
安装miniconda的命令是:
bash 装的版本
激活miniconda的命令是
source ~/.bashrc
3. 添加镜像
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
不知道是什么原因,我添加这个镜像好像是已存在,不知道是不是安装了两遍
4.使用conda
conda list 是查看所有安装的软件列表
conda search fastqc 搜索软件名
conda install fastqc -y 安装这个软件,-y相当于yes
conda remove fastqc -y 卸载这个软件
5.配置多个环境
查看当前conda存在哪些环境
conda info --envs
建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
原来这个-n是命名的意思
激活新环境
conda activate rna-seq
退出当前环境
conda deactivate