作为CNV研究的经典软件，CNVnator的安装具有较为复杂的流程，经过一段时间的探索终于成功安装，记录安装流程如下：
samtools与ROOT软件为安装前提条件：
1.samtools 安装
按照任意流程正常安装即可
本人版本为samtools-1.5
2.ROOT安装
（0）注意此ROOT是软件，非彼ROOT
（1）下载已经编译好的安装包
（2）解压文件夹
cd /home/tools/
tar -zxvf root_v6.14.06.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8 .tar.gz
(3)环境变量添加
参考网址：https://root.cern.ch/root/html534/guides/users-guide/GettingStarted.html#getting-started
个人参考：
export ROOTSYS=/public/home/tools/root
export PATH=$PATH:$ROOTSYS/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib
（4）检查
root 查看能否进入软件
3.CNVnator安装
（1）下载安装包
https://github.com/abyzovlab/CNVnator
国内无法登录的话可以进入国内镜像网站搜索CNVnator
版本：CNVnator_v0.4.1.zip
（2）解压
cd /path/to/CNVnator.zip
unzip CNVnator_v0.4.1.zip
(3)建立软连接
cd /tools/CNVnator/sc
samtools：
ln -s /public/home/tools/samtools-1.5 samtools
此路径链接至samtools解压文件夹，并非安装的文件夹
root：
ln -s /public/home/zflab/xudian/tools/root root
(4)编译
当前文件夹
make
软连接非常关键，相当于在cnvnator文件里建立了samtools和root文件夹的快捷方式。
make报错：如果samtools软连接有问题会报错：AliParser.hh:10:17: fatal error: sam.h: No such file or directory；如果是root软连接有问题会报错：HisMaker.hh:15:20: fatal error: TFrame.h: No such file or directory。（此处报错引用于：好记性也要烂笔头/ 链接：https://www.jianshu.com/p/7eeae8a19038）
（5）加入环境变量后即可使用
vi ~/.bashrc
export PATH="/public/home/tools/CNVnator_v0.4.1/src:$PATH"
source ~/.bashrc
4.一点学习
当网上杂乱信息无法帮助你解决问题时，可以尝试查看解压文件夹中的README or INSTALL文件，开发者往往会有详细的解释。每个人处理问题所面对的场景和问题不一样，因此参考也只能有限。知识会奖励有耐心的人。
