Linux软件安装

什么是conda？

conda是所有语言的包、依赖和环境管理器。

如何安装linux的miniconda

1. 确认服务器位数 ，切换工作目录 cd biosoft
2. 下载文件的工具，软件；下载链接, 寻找安装的软件文件名一定要对，显示(x86_64)或者32-bit(x86)，.sh为脚本符号,使用清华的镜像网站。
3. 下载文件命令wget -c+下载链接下载链接 -c参数continue预防网络断联
4. 安装命令bash , bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5. 同意一切
6. 安装成功后重新加载配置文件，source ~/.bashrc (安装软件时重新修改了bashrc);也可以退出后重新登录。
7. enter conda 显示满屏即为成功安装
8. 添加镜像(频道)，如果重复添加镜像会优先提前moving to the top.

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes```

安装软件

1. 查看服务器上软件安装列表conda list
2. 安装软件conda install fastqc -y
3. 确认软件是否成功，fastqc --help,成功后会显示文档
4. 卸载软件conda remove fastqc -y

conda环境

为什么要创建独立环境

• conda 会改变你原来设置好的环境
• 不同软件的依赖会相互冲突。比如A软件依赖python2.3,B软件依赖python3.3
• 方便项目管理，基因组，转录组等
  • 创建一个rnseq的小环境：conda create - n rnaseq ，-n指定环境名称
  • 启动环境：conda activate rnaseq
  • 退出环境：conda deactivate
  • 列出已存在的环境：conda env list
  • • 号表示处在哪个环境
  • 删除环境:conda remove -n -rnaseq --all