股东协议是全体股东共同参与订立，股东间达成的调整股东内部权利与义务关系的文件，仅在签署协议的股东之间有效，不针对签字人之外的第三人。股东协议本质上属于合同，受合同法保护。
公司章程是公司治理体系的重要文件，是公司的最高宪法，是其他制度制定的基础依据，是全体股东针对公司治理规则一致意愿的表示，针对股东、公司、董事、监事等人员具有约束力。受公司法保护。
当协议约定与章程条款冲突时怎么处理？
1、对于股东之间，如果约定了冲突时的适用规则，应当从其约定。若没有约定冲突时的适用规则，应当看股东合意，以最后签署的文件为准。
2、冲突涉及第三人利益事项，以章程为准。不能以股东间的内部约定对抗外部法律关系。
为了避免两种文件的冲突，要注意：
1、公司章程制作要尽量全面，涵盖治理结构设计条款，也要涵盖股东协议的共同条款。
2、如果章程没法完全涵盖或者章程的条款与股东协议不一致的，应当提前进行特别约定：当章程与股东协议不一致时，以股东协议为准（或以章程为准）。
3、协议与章程约定要及时变更、补充、保持平行协同。
