儒学独尊的地位在晋朝被破除后，到了南北朝时期已经形成多元化的思想。在诸多的思想流派中，出现了以法治国、务实求治的主张（三国曹操与诸葛亮、东晋王导）和《无君论》（东晋鲍敬言）、《神灭论》（南梁范缜）、提倡“人死则神灭”（北魏邢邵与北齐樊逊）等有价值的观点，也产生了消极颓废、遁世游仙的思想。鲍敬言的《无君论》与葛洪论关于无君的论述，
以所谓“唯物主义自然观”批判“君权神授说”，认为就是想做皇帝的人假借天意来统治百姓，君主制就是恃强凌弱智诈愚的产物认为天地间万物皆阴阳二气化成，主张人人平等，没有尊卑之分。君主就是万恶之源，因为有君主就会有剥削压迫，流血战争。而且提供一个人类脱离罪恶的办法，就是不要君王，回到人与人之间和谐相处的原始混沌社会。但一旦不要君王人人就会真的和谐相处不会有斗争？即便君王百般不好但人有被统治的需要，一群没有君王统领的人和没有领头羊的羊群无异
圣经也说
【罗13:1】在上有权柄的，人人当顺服他；因为没有权柄不是出于 神的，凡掌权的都是 神所命的。
君王也是神在地上所设立的权柄，作为国民也理应去顺服
这里还提供了一个人类罪恶问题解决方案，但真正能解决人类罪恶问题如小要理问答20，21问所讲，使我们从罪恶愁苦中出来的是救主基督
影响最大的是玄学思想。玄学在南朝十分兴盛，宋文帝时设至玄学馆，玄学与史、文、儒并列四学，清谈益盛。到梁武帝时鼓励提倡经学，但此时经学已经受清谈影响，只注重于辩论之说。隋朝统一后清谈渐渐衰退，直到唐朝中期才终止。由于佛教过度膨胀与糜烂，出现了不少反对过度崇佛的思想家如南梁范缜、北魏邢邵与北齐樊逊，这些人的思想衍生出无神论。
玄 史 文 儒并称4学
以玄学为主流思想。玄学主要探讨万物根源，本体层次等形而上的内容
范缜是南朝的齐梁之间人士，489年在竟陵王萧子良的宴席上发表了反对佛教因果报应论，认为灵魂并不存在。他的观点主要是唯物论的“变化的形一元论”，认为身体与精神都是物质，整个宇宙就是一个物质的动态变化。神灭论处理了“体”、“用”、“变化”、“关系”诸主题，完整概括了“唯物本体论”所应处理之主要范畴。范缜著有《神灭论》与答复反对派曹思文的《答曹舍人》。他的论点引起朝野反弹，曹思文作《难神灭论》，萧琛引“杜伯关弓”、“伯有被介”故事驳之。笃信佛教的梁武帝也展开论战，作《敕答臣下神灭论》，命令他放弃观点。梁武帝组织僧俗六十多人发表文章对范缜进行围攻，引发思想界一场关于“神”（灵魂）灭不灭之理论大战。然而变化的形一元论的涵义与变化广大，几可做无穷尽的推论引申，范缜辩才无碍，众人难以反驳他，最后判范缜为“异端”而流放他。
范缜在宴会上与主张神(灵魂)不灭论佛教学者争论，并且获胜
范缜认为精神从属身体，肉体消亡灵魂也就消逝
北朝的邢邵与樊逊等思想家主张无神论。邢邵是北魏后期东魏初期人士，当时佛教受到鲜卑皇室提倡而兴盛。他反对“神不灭论”，主张人死则灵魂就会消失，否定人死为鬼的理论，认为“欲使土化为人，木生眼鼻，造化神明，不应如此。”他还主张类化论，只有同颣事物，才可以转化；不同类事物不能转化。类化说显现出物种产生的多元性与差异性。邢邵思想以及他和杜弼争论轮回等问题等都纪录在《北史·卷五十五·杜弼传》与《北齐书·杜弼传》中。樊逊北齐人，554年北齐文宣帝欲封禅泰山，樊逊向齐帝劝谏道教、神仙皆为虚妄
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