该软件可以自动从序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并标注位置，下面是这款软件的安装与使用方法。
第一步 拼接核糖体基因组
cd /home/monkeyflower/bioworkplace/test
conda activate getorganelle
get_organelle_from_reads.py -1test.1.fastq.gz -2 test.2.fastq.gz -F embplant_nr -o test -R 10 -t 2 -k 35,85,115
#转到工作目录，再激活getorganelle,在进行核糖体基因组拼接。
第二步 下载ITSx安装包
cd /home/monkeyflower/biosoft
wget -c https://microbiology.se/sw/ITSx_1.1.2.tar.gz
tar -zxvf ITSx_1.1.2.tar.gz
#先转到/biosoft文件夹，再下载并解压缩ITSx。解压缩的文件夹里包含了ITSx, ITSx_db, user’s guide, README.txt , license.txt这几个文件与文件夹。
第三步 安装软件
cd /home/monkeyflower/xiaodeng
mkdir /home/monkeyflower/xiaodeng/bin
mv /home/monkeyflower/biosoft/ITSx_1.1.2/ITSx_db /home/monkeyflower/xiaodeng/bin
mv /home/monkeyflower/biosoft/ITSx_1.1.2/ITSx /home/monkeyflower/xiaodeng/bin
#转到自己的工作目录；再创建一个bin文件，用来存放ITSx的二进制命令；再将ITSx_db和ITSx移动到bin文件夹中。
第四步 添加到环境变量
vim ~/.bashrc
a
#按a进入编辑模式
export PATH=/home/monkeyflower/xiaodeng/bin:$PATH
Esc
#按Esc键退出编辑
:wq
#输入:wq保存
source ~/.bashrc
#激活环境
第五步 测试
mv /home/monkeyflower/biosoft/ITSx_1.1.2/test.fasta /home/monkeyflower/bioworkplace/AAA
#将测试文件移动到工作目录
ITSx -i test.fasta -o test
#报错：-bash: /home/monkeyflower/xiaodeng/bin/ITSx: 权限不够
ls -l
#发现ITSx的权限为-rw-rw-r--，权限较低。
chmod 775 ITSx
#更改权限为-rwxrwxr-x
ITSx -i test.fasta -o test
#再次测试成功。
第六步 结果文件解读
结果会产生6个文件；包括汇总文件1个，ITS亚区详细位置表格1个，graph文件1个，完整ITS序列文件1个，ITS1和ITS2区域的FASTA文件各1个。此外，如果发现不包含任何ITS区域的序列，也会写出代表这些条目的序列ID列表。其中.ITS1.fasta、.ITS2.fasta就是我们所需要的序列。
也有更加简单的安装方式，直接conda install -c bioconda itsx。但有时候就喜欢折腾折腾自己
总结起来，就是先将核糖体基因组拼接好，再用ITSx进行提取，核心的两条命令是
get_organelle_from_reads.py -1test.1.fastq.gz -2 test.2.fastq.gz -F embplant_nr -o test -R 10 -t 2 -k 35,85,115
#拼接核糖体基因
ITSx -i test.fasta -o test
#提取ITS序列
