事情的起因是我要复现一个文章的堆叠小提琴图，只不过堆叠小提琴用的是Split小提琴图，不仅展示细胞中基因的表达，也将分组展示了。首先堆叠小提琴图Seurat VlnPlot函数就可以完成：

library(Seurat)
library(dittoSeq)
library(ggplot2)

makers <- c('Ltf',"Ngp",'Ccl6','Srgn','S100a9','Mmp8',
            'Cstdc4', "Ccl6",'Il1b','Chn2','Stfa2l1',
            'Retnlg','Olfm4','Cd177','Top2a','Stmn1')


VlnPlot(mouse_data, features = makers,
        stack=T,pt.size=0,
        flip = T,
        add.noise = T)+#横纵轴不标记任何东西
  theme(axis.text.y = element_blank(), #不显示坐标刻度
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(colour = 'black',size = 10,angle = 90),
        legend.position = 'none')

image.png

展示分组：

VlnPlot(mouse_data, features = makers,
        stack=T,pt.size=0,
        split.by = 'orig.ident',
        flip = T,
        add.noise = T)+#横纵轴不标记任何东西
  theme(axis.text.y = element_blank(), #不显示坐标刻度
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(colour = 'black',size = 10,angle = 90),
        legend.position = 'top',
        legend.title=element_blank(),
        legend.box.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(color="black",size=10),
        legend.spacing.x=unit(0.2,'cm'),
        legend.key.width=unit(0.4,'cm'),
        legend.key.height=unit(0.4,'cm'),
        legend.background=element_blank())

image.png

做Split小提琴图：

VlnPlot(mouse_data, features = makers,
        stack=T,pt.size=0,
        flip = T,
        add.noise = T,
        split.by = 'orig.ident',
        split.plot = T)+#横纵轴不标记任何东西
  theme(axis.text.y = element_blank(), #不显示坐标刻度
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(colour = 'black',size = 10,angle = 90),
        legend.position = 'none')

image.png

最近沉迷于写函数，所以写一个堆叠的函数，拼图无缝衔接，图还是很好看的，这里解决了ggplot拼图无缝衔接，网上有些函数很复杂，且没用。**本来这个帖子已经写完，然后刚好小伙伴问了一个问题，我就先抛出了，结果又有人提出加显著性的要求。

#如果要添加两组之间的显著性检验，就需要添加test=T参数，siglable和testmethod都可以自己选择
Split_Vln_stacked(mouse_data, feature = makers, split.by = 'orig.ident',
                  split.plot = T, pt.size = 0, size = 10, 
                  cols = c("limegreen", "navy"),
                  sig_label = 'p.signif',test = T,test_method = 't.test')
#split不添加显著性，只需要test=F即可
Split_Vln_stacked(mouse_data, feature = makers, split.by = 'orig.ident',
                  split.plot = T, pt.size = 0, size = 10, 
                  cols = c("limegreen", "navy"),
                  test = F)
#正常堆叠图，test=F，split.plot=F
Split_Vln_stacked(mouse_data, feature = makers,
                  split.plot = F, pt.size = 0, size = 10,
                  cols = dittoColors(), test = F)

image.png

此外，有了这个启发，我们是不是可以对一些基本的图进行无缝拼接呢，堆叠展示跟更体现效果，颜值也是拉满。这里以折线图为例子：

image.png

接下来我们讲讲这个堆叠函数的思路：更多精彩请至KS科研分享与服务公众号