2021-05-21学习小组 Day5—王不妄

R语言数据结构

本教程整理自生信星球

向量

1.标量和向量的区分

元素指的是数字或者字符串(用chr表示)等

  • 标量:一个元素组成的变量
  • 向量:多个元素组成的变量
  • 一个向量是一排有序排列的元素,可作为数据框中的一列


    图源生信星球
x<- c(1,2,3) # 常用的向量写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。
x<- 1:10 # 从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5) # 1-10之间每隔0.5取一个数(注意是逗号不是分号)
x<- rep(1:3,times=2) # 1-3 重复2次

2.从向量中提取元素

(1)根据元素位置

x[4] # x第4个元素
x[-4] # 排除法,除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4] # 第2到4个元素
x[-(2:4)] # 除了第2-4个元素
x[c(1,5)] # 第1个和第5个元素

(2)根据值

x[x==10] #等于10的元素
x[x<0] #小于0的元素
x[x %in% c(1,2,5)] #存在于向量c(1,2,5)中的元素

数据框

(1)读取本地数据

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t", header = T)
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t", header = T)

(2)设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet" #有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#row.names为修改第一列为行名

(3)数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F) #分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带双引号) 

(4)变量保存与重新加载

#保存未处理完的数据,便于下次加载使用
save.image(file="bioinfoplanet.RData") #保存当前所有变量
save(X,file="test.RData") #保存其中一个变量
load("test.RData") #再次使用RData时的加载命令

(5)提取元素

X[x,y] #第x行第y列
X[x,] #第x行
X[,y] #第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b] #第a列到第b列
X[c(a,b)] #第a列和第b列
X$列名 #也可以提取列(优秀写法,不用写括号,且支持Tab自动补全,但只能提取一列)

(6)直接调用数据框中的变量

options(stringsAsFactors = T)
a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9)) #paste0()不带空格粘贴,runif()生成随机数
plot(a$case,a$values)

避免反复出现数据框名字的方法:

# 方法1:attach
# 将数据框名添加到搜索环境中:attach(a),作图时只需输入列名(不需要$)
# 局限性在于两个以上数据框的列名有冲突时,同时attach会报错
attach(a)
plot(case,values)
detach(a) #事后记得detach

# 方法2:with
with(a,{
 plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量,也就是出了大括号仍有效
})
x #运行完后打印x

作业:save(X,file="test.RData"),代码如果报错object X not found,是为什么,应该怎么解决?
答:由于R中区分大小写,本例中变量为x而非X,故应使用save(x,file="test.RData")

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