建军功后，曾国藩出任两江总督(任期最长的地方职位)，工作重心转移到了民生，先搞吏治。十多年两江百姓夹在清政府和太平军之间，清朝税收层层加码，太平军更是不按套路出牌，富庶的江南变得民不聊生。上任后，曾国藩带头遏止不良官风，不搞排场不收大礼，要求身边人员不得给亲友安排工作、不得欺压当地官员百姓。恢复江南乡试，选拔有志之士，也让挚友们推荐、物色好官。出台新章裁撤一些陋规(灰色收入)，借此淘汰违抗的老官僚，启用有志好官，以促进战后经济恢复。
清朝采用文官“薄俸制”和军队“低饷制”(前说二品大员十年没钱省亲，军队里不合格的斜杠青年打仗不行做买卖行)，承袭明朝官员薪酬制度，农民出身的老朱见不得官员有钱，改变唐宋的高薪制度，造成腐败、贪污“合法”化，清朝更上一节，这些非常短视的财政制度都让清政府自尝了恶果。曾国藩二次出山和光同尘，有意取海瑞一尘不染之实，却竭力避免一清如水之名。吃喝应酬推不掉，那就尽量从简。裁撤陋规，但留下盐运缉私和海关关税建立小金库来维系官场的人情潜规则。曾国藩公私财物分明、个人生活简朴，做官清廉，志向不是做传统意义上的“清官”，而是做大事。
接着曾国藩兴办洋务。第二次鸦片战争失败，曾国藩深刻认识到武力的差距，日夜思考洋人的武力为什么如此强大。洋人协助管理关税比清政府更清廉有效，收的税多2~3倍，让他意识到洋人的文明与蛮夷的不同，他们有独特信仰、文化体系和做事原则。从“洋人是蛮夷”到“洋人也是人” 他的观念发生了根本变化，办理洋务的思路也随之转变，接纳了这“数千年未有之大变局”后，他贯彻“师夷长技以制夷”，主动研究外情，地理、历史、军事、科技等，做到知己知彼；购买洋炮洋船、开设江南制造局研究仿制夷船，并鼓励各省兴办西式工业；开设翻译局， 派人留学。他强调与洋人打交道要诚信。
然而兴办洋务也不顺利，清王朝外交“宁可国家经济崩溃，也要保皇帝面子”，曾国藩的诚信外交备受指责。1870年天津教案中，上至朝廷下至老百姓都信洋人挖眼吃心的讹传，为逞一时之勇砸烧教堂，打死多名外国人。当时位居直隶总督的曾国藩深知欧洲各国几百年专意研究战争现又一致对付中国，和洋人硬来的时机未到，其恶行又查无实据，他筹划息事宁洋人、国人烧杀确有理亏，迫于洋人压力，他裁撤一些官员，发配带头的国人，结果被慈禧摆了一道沦为了“卖国贼”，退为两江总督。2年后走到了政治和生命的尽头，他为洋务运动办了最后一件事：推动第一批派员留学。卓有远见的人才培养政策8年后被短视的慈禧班子因面子、怕失控中止了。日本派出留学晚，但持续了下去，维新运动后逐渐强大，加入到侵略中国的帝国队伍，真是不比不知道，一比气一跳！
