企业的各职能部门因所处地位和职责的不同，在实际工作中会出现一定的矛盾和差异，如果不能有效处理，就会形成内卷，从而影响企业的经营效率。
目标是根据企业的目的或宗旨而提出的在一定时期内要达到的预期成果，是企业各项经营管理活动所指向的终点。统一而清晰的目标，能够指明企业资源的使用方向。因而，运用目标管理法，有利于保证各职能系统都保证相同的目标方向，在行使部门职能时，能够从全局利益出发，谋求协调一致。
合理的工作流程和明确的职能分工，一方面能使各职能部门明晰工作的方法和要求，避免日常纠纷，从而保证日常工作的顺利推行；另外也使管理人员可以腾出更多的时间和精力，就部门之间的矛盾和冲突进行沟通磋商，以道道相互平衡协调的目的。
各职能部门之间的协调还有赖于激励制度的支持。也就是在制定和实施激励制度时，要注意避免鼓励各职能领域的单独工作绩效，而应着重奖励职能部门之间的协调行为以及由此产生的成果，鼓励各职能部门协同一致地完成目标。
除了决策制度方面的措施之外，职能部门之间的协调还有赖于管理人员的综合素质，这里边主要包括大局观、执行力、沟通能力和凝聚力等几个方面。
当然，拥有上下同欲、和谐融洽的文化氛围，在全体员工中树立起高度的责任心和凝聚力，人人拥有系统观、大局观和整体观，彻底摒弃各种形式的本位主义和自由主义，是促进各部门职能协调的重要保证。
