作为一种管理模式，目标管理提高组织及其成员绩效的作用得到了实践的验证，自从我国引进目标管理以来，它的实施确实推动了各种组织的发展进步，但目标管理决不是万能的，在实践过程中存在着无法避免的缺陷:
1、高层管理者参与力度不够，中层管理者对目标管理的抵触。很多中底层管理人员已经习惯于传统的独裁管理，实施目标管理是对传统管理方式的挑战，难免会损害某些人的利益，他们当然会抵触目标管理。
2、公共部门目标不易量化，结果不易衡量。而且目标设置的刚性化损失了操作过程中的权变可能。公共部门的目标往往比较模糊，不易量化，其结果也不容易衡量。同时公共目标的制定过程并非是一个理性选择的过程，而是一个政治过程，往往充满了多元目标的冲突，而目标管理的刚性又不允许目标的变动，从而导致了失误的出现。
3、 目标管理在封闭体系的组织中较易实施，但在变动而且难以预测的环境中则不宜使用，因为此时目标往往难以设定。由于公共部门所处的环境比私人部门所处的环境更为复杂多变，因而目标管理运用范围和程度会受到一定得影响。
4、没有给予充分的资源支持和授权。资源和授权是实现目标的关键要素，一个组织成员和一个组织一样，没有资源或者资源不够充分，就会限制其实现目标。组织总是会要求其成员和部门实现各种各样的目标，却不给予充分的资源和授权，最后目标很难完成，目标管理也达不到预期的效果。
因此，组织必须从根本上理解目标管理的精髓，严格目标管理的各个环节要求，在目标管理的实施过程中注重运用强化手段和加强领导的作用，最重要的是要实施严格的绩效考评，把目标和考核、奖惩紧密结合在一起，发挥其最大的作用。
