@__Smile浅笑 我也遇到了同样的问题,后来发现删掉重跑又正常了,但开启100循环总是有20来个不收敛需要重跑,请问你怎么解决的呢
fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例: 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流,迁徙,分化等,会对等位基因频率产生显著影响,塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
@__Smile浅笑 我也遇到了同样的问题,后来发现删掉重跑又正常了,但开启100循环总是有20来个不收敛需要重跑,请问你怎么解决的呢
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1. 什么是位点频谱(site frequency spectrum)? 位点频谱也叫等位基因频谱(allele frequency spectrum)是群体遗传学的术语,用...
@8d2d520bbcf1 你好,是est设置时间范围吗?设置了也是这样的不收敛。
fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例: 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流,迁徙,分化等,会对等位基因频率产生显著影响,塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发...
conda activate seletioncd /cd mnt/d/peng/fst/xpclr-1 基因分型: for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1...
1 使用vcftool计算pi值 输入文件:SNP_qc0818.vcf,未LD过滤,若文件较大则过滤更好工作路径:/home2/yl/abi/Gorilla/fq_data...
假设我们想模拟经历了以下群体演化历史的群体样本: 我们在3popDNASFS.par文件中来描述这个群体演化历史的过程,这个演化过程是时间回溯的,从下往上依次来描述这个过程:...
Science 发表了题为“Dual domestications and origin of traits in grapevine evolution”的研究成果,并被选...
您好,请问排序的话,右边输入的是我想要的排序顺序,还是初始时做admixture的名字顺序呢?发现这两做出来的血缘结果不一样!
群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”写在前面 终于到了这一天,我又捡起了七八年做群体分析的技能....只是那会我画图就用 ggplot2,而现在我只用「TBtools」。基于重测序数据的群体结构分析,很多时候,...
本文主要介绍hapFLK(FLK统计量)、LEA软件包(LFMM模型)和PCADAPT软件如何检测选择信号 总体的思想就是通过这几款软件、不同的算法计算出每一个位点的z-sc...
SFS的基本理解、介绍的一篇文章:https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
群体进化与选择信号:●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件的洗礼,有的物种灭绝,有的物种分化出不同的亚种或亚群,甚至逐...
一、简介 Samtools是一个用于操作sam和bam格式文件的应用程序集合,具有众多的功能。 它从SAM(序列比对/映射)格式导入和导出,进行排序,合并和索引,并允许快速检...
1. BAMStats BAMStats是一款从BAM文件中计算覆盖度和其他数据,并生成这些数据的描述性统计的工具 1.1 安装 1.2 使用 java -jar BAMSt...
在我们开始测序之前,经常会被问道,你需要的测序深度和测序覆盖度的概念,比如在测序线粒体的DNA时候,测序小哥就问说1个G的数据量够了吗?下面就给大家解释下这两个概念: 测...
以下内容参考了同研究组师弟整理的笔记、和网络资源:Beast v1.8简易手册-修订版 · 语雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...