发简信
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跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建
分析单细胞转录组测序的软件和方法有很多，最流行的莫过于Seurat包，可以完成单细胞分析整个流程，我们整个教程也是基于R语言Seurat包来实现的，所以首先安装包： 单细胞文...
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单细胞转录组基础分析六：伪时间分析
本文是参考学习单细胞转录组基础分析六：伪时间分析[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474837...
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单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合第十八计擒贼擒王作战要先擒拿主要敌手。比喻做事要抓关键。 与scRNA-seq参考整合 为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders *，Ma...
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使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析
Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在Nature Biotechnology上。Palantir将细胞分化模拟为一个随机的过程...
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单细胞空间转录分析之Scanpy-多样本整合和Seurat一样，Scanpy也提供了多样本空转数据的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
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空间转录组第七讲：多样本合并、marker基因分析前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。跟单细胞...
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单细胞空间转录分析之Seurat-多样本整合（浅谈空间批次）单细胞空间转录组和单细胞分析类似，不可避免的会遇到多样本的问题，这就需要使用多样本整合分析策略Seurat提供了多张切片（slices）整合分析(Merge合并) 单细胞空间...
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不同单细胞群之间的相关性分析单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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Scanpy分析单细胞数据：轨迹分析PAGAScanpy数据结构：AnnData[https://www.jianshu.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析单细胞数据：预处理和聚类[https://...
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Scanpy可视化函数汇总Scanpy数据结构：AnnData[https://www.jianshu.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析单细胞数据：预处理和聚类[https://...
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单细胞亚群差异基因火山图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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单细胞之轨迹分析-4：scVelo轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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单细胞之轨迹分析-5：slingshot轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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文献学习031--[sc+st]时空转录组揭示病毒性心肌炎的发病机制1. Single-cell and spatial transcriptomics of reovirus T1L-infected neonatal mice heart...
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如果你是程序员，或者有一颗喜欢写程序的心，喜欢分享技术干货、项目经验、程序员日常囧事等等，欢迎投稿《程序员》专题。 专题主编：小彤花园 http://www.jianshu.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序员】专题拒稿指北：http://www.jianshu.com/p/7c8b33b5f63b 投稿须知： 1.收录相关技术文章，但不限于技术，也可以是项目经验类的文章和程序员日常。 2.文章內不得有任何推广信息。包括但不限于公众号、微博、微信，更不得在通过投稿后再修改文章加入推广信息。你可以将这些推广以及个人信息放在个人主页介绍里。 3.字数极少，段落混乱，大段代码没有放到代码框的文章不收录 4.不相关的内容不收录，请确认文章内容和本专题相关 目前针对优质作者及爱好者，开设了官方程序员微信群，希望加入请发简信给主编小彤花园索取个人微信，主编会将你加入到【程序员】微信群，分享内容，收获知识。添加微信时备注昵称。
