GWAS流程 材料选择 1.材料选择的基本原则 遗传变异和表型变异丰富； 群体结构分化不能过于明显，发生生殖隔离是不能做GWAS的，如亚种以上（亚种需单独进行GWAS，粳稻和...
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2.GWAS：流程与试验设计 -
1.GWAS：原理与目的全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以连锁不平衡（LD）为基础，利用全基因组范围内群体中高密度的分子标记，鉴定与复杂性...
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WGCNA（6）：筛选 hub gene通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
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错乱_ ·
WGCNA的官方文档里有这样一句话：In the past, we called the module membership values kME.
然后，kME的定义是，kMEbrown(i) = cor(xi, MEbrown)
datKME=signedKME(datExpr, datME, outputColumnName="MM.")
而MM：geneModuleMembership = as.data.frame(cor(datExpr, MEs, use = "p"))
我比较过这两个结果，发现是一模一样的，所以它们应该就是一个东西，只不过一个是用WGCNA内置的函数signedKME()算出来的，一个用cor()算的。 -
WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重要基因前面的文章中完成了数据导入和网络构建，下面是将基因模块与性状进行关联，从而识别与表型相关的重要基因。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.co...
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RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③ 构...
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Graphpad Prism 绘制柱状图与散点图共存图本文参考https://docs.qq.com/doc/DZEFHalVWU3lQcVFR?from=singlemessage，仅供自学和分享，如有侵权立删 此图为一篇文献...
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使用HMM进行基因家族鉴定？无人不能。写在前面 很久很久以前，各种原因，我写过一个帖子，《零基础-完全重现某个基因家族分析文章（的分析部分）》 https://www.jianshu.com/p/88075f6c...
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基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER基因组的序列提取，详情请看我之前的教程：https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4 基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast...
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跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加误差线论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 数据和代码的github...
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CRISPR-Cas9 原理注：转自一位师兄的个人网站（王进的个人网站），我觉得写的挺好挺清楚的，所以直接引用了。（如有侵权，请联系撤回） CRISPR/Cas技术是什么？ CRISPR/Cas系统是一...
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数据导入利器——rio包
笔记说明 在读《Modern R with the tidyverse》一书时发现了这个非常好用的R包，做此笔记记录。本笔记记录rio包的数据导入功能。导出功能说明见：用ri...
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R语言 -- xlsx 包安装 | 读取/创建 Excel 的 xlsx/xls文件一、xlsx 包介绍 虽然平时处理的文件一般都是txt 、csv文件，但其可读性不如xlsx文件，在给别人展示你的分析结果时，一般就会用到xlsx文件。 试了很多包，比如.....
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常用抗生素工作浓度及配置方法常用抗生素工作浓度及配置方法 氨苄青霉素 （100mg/ml）溶解1g氨苄青霉素钠盐于足量的水中，最后定容至10ml。分装成小份于-20℃贮存。常以25ug/ml～50ug/...
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
