通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
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WGCNA（6）：筛选 hub gene -
错乱_ ·
WGCNA的官方文档里有这样一句话：In the past, we called the module membership values kME.
然后，kME的定义是，kMEbrown(i) = cor(xi, MEbrown)
datKME=signedKME(datExpr, datME, outputColumnName="MM.")
而MM：geneModuleMembership = as.data.frame(cor(datExpr, MEs, use = "p"))
我比较过这两个结果，发现是一模一样的，所以它们应该就是一个东西，只不过一个是用WGCNA内置的函数signedKME()算出来的，一个用cor()算的。 -
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Graphpad Prism 绘制柱状图与散点图共存图本文参考https://docs.qq.com/doc/DZEFHalVWU3lQcVFR?from=singlemessage，仅供自学和分享，如有侵权立删 此图为一篇文献...
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数据导入利器——rio包
笔记说明 在读《Modern R with the tidyverse》一书时发现了这个非常好用的R包，做此笔记记录。本笔记记录rio包的数据导入功能。导出功能说明见：用ri...
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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物种间共线性circos——作图步骤早先写过，但是有不少朋友还是在后台留言，无法完全重复。我仔细看了之后发现，的确是我在有些细节上写的不够详细。但是不想去完善了。毕竟tbtools的实现逻辑已经很简单了。 那就...
