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Seurat的打分函数AddMouduleScore在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
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Seurat包的打分函数AddModuleScore
在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看...
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SCENIC单细胞转录因子分析介绍及操作| 1. 简介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml]（singl...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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monocle细胞轨迹追踪原理我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞 加载相应的工具包 本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操...
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Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单，就是下面这些命令，但是我不是很关心这个，关键是它怎么写的Fast, s...
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mtSC：整合多参考数据集进行单细胞亚群注释说在前面 在单细胞数据分析流程中，细胞亚群注释的准确性一直都是重中之重，生信宝库在之前的推文：一文解决单细胞亚群注释的所有问题[https://mp.weixin.qq.co...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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跟着Cell学单细胞转录组分析(七):细胞亚群分析及细胞互作
想获取更多，请至公众号-KS科研分享与服务- 其实之前我们细胞的分群是很粗糙的，只是一个大概的方向，随着深入的研究，需要对特定细胞的更多亚群进行分析，这里我们选择免疫细胞进行...
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RNA velocity分析练习（四）聚类以及velocity可视化系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软件安装3.RNA velocity分析练习（三）生成loom...
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单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞之轨迹分析-6：velocyto.R+Seurat轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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免疫细胞注释-1：T细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
