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科研软件81难之3---GSEA的富集分析原理
满月抛江第三难 基因集的概念GSEA全称Gene Set Enrichment Analysis，GSVA全称Gene Set Variation Analysis，它们都是...
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2022-03-20 GSEA 分析（一）GSEA分析根据测序公司返回来的分析数据，打开包含所有基因的数据的excel表 在excel 表中先进行部分操作 去除不含EntrezID的行，通过筛选去掉空的列 只保留ge...
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根据RNA-seq差异基因进行GSEA分析如果你觉得GO或KEGG不够解释，或许可以试试GSEA 具体内容参考这篇[https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/deta...
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使用log2FC排序的基因集进行GSEA分析目前做GSEA主要有两种办法，一种是使用GSEA的java软件，另一种是使用R语言包，当时还有在线的工具做GSEA的数据也有两种，一种是有基因表达矩阵和分组，另一种是使用两列...
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一文读懂：基因的功能富集分析富集分析 基因富集分析（gene set enrichment analysis）是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。研究方法可分为三种：Over-Repress...
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R笔记之ggplot2画图ggplot2绘图理念 图形系统的核心理念是把绘图与数据分离，把数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，按图层作图。ggplot2可以把绘图拆分成多个图层，且能够按照顺序创建多重...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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怎么不完整
非小细胞肺癌微环境免疫模式用以肿瘤分型和病人分层
2021年，Leader等人通过目前最大的非小细胞肺癌的单细胞测序和CITE-seq，对非小细胞肺癌的微环境进行了多组学的分析，最终构建了一个包括驱动突变、新生抗原、免疫状态...
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【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌原文来自这里，略编辑 摘要 简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。 RNA-seq分析通常从基因水平的序列计数开始，涉及到数据预处理，探索...
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R包——maftools 可视化神器背景介绍 随着癌症基因组学的进步，突变注释格式（MAF）被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体。 癌症基因组图谱项目对30多种不同的癌症进行了测序，每种癌症类型的样本量超过2...
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TCGA肿瘤突变负荷分析TCGA snp数据分析总结[https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1619136053&ver=3025&signatur...
